使用MPI IO并行输出到单个文件

我有一个非常简单的任务要做，但不知怎么的，我还是被卡住了

我有一个大数据文件（“file_initial.dat”），集群上的所有节点都应该读取它（使用MPI），每个节点将对这个大文件的一部分执行一些操作（file_size/number_of_nodes），最后每个节点将其结果写入一个共享的大文件（“file_final.dat”）。文件的元素数保持不变

通过谷歌搜索，我明白了，最好将数据文件写成二进制文件（我在这个文件中只有十进制数），而不是*.txt”文件。因为没有人会读这个文件，只有计算机会读

我尝试自己实现（但使用格式化的in/output而不是二进制文件），但我得到了错误的行为

到目前为止，我的代码如下：

#include <fstream>
#define NNN 30

int main(int argc, char **argv)
{   
    ifstream fin;

    // setting MPI environment

    int rank, nprocs;
    MPI_File file;
    MPI_Init(&argc, &argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    // reading the initial file

    fin.open("initial.txt");
    for (int i=0;i<NNN;i++)
    {  
        fin  >> res[i];
        cout << res[i] << endl; // to see, what I have in the file
    }  
    fin.close();

    // starting position in the "res" array as a function of "rank" of process
    int Pstart = (NNN / nprocs) * rank ;
    // specifying Offset for writing to file
    MPI_Offset offset = sizeof(double)*rank;
    MPI_File file;
    MPI_Status status;

    // opening one shared file
    MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "final.txt", MPI_MODE_CREATE|MPI_MODE_WRONLY,
                          MPI_INFO_NULL, &file);

    // setting local for each node array

    double * localArray;
    localArray = new double [NNN/nprocs];

    // Performing some basic manipulation (squaring each element of array)
    for (int i=0;i<(NNN / nprocs);i++)
    {
        localArray[i] = res[Pstart+i]*res[Pstart+i];
    }

    // Writing the result of each local array to the shared final file:

    MPI_File_seek(file, offset, MPI_SEEK_SET);
    MPI_File_write(file, localArray, sizeof(double), MPI_DOUBLE, &status);
    MPI_File_close(&file);

    MPI_Finalize();

    return 0;
}

#包括
#定义NNN 30
int main（int argc，字符**argv）
{   
流鳍；
//设置MPI环境
国际排名，NPROC；
MPI_文件；
MPI_Init（&argc，&argv）；
MPI通信大小（MPI通信世界和NPROC）；
MPI通信等级（MPI通信世界和等级）；
//读取初始文件
fin.open（“initial.txt”）；
对于（int i=0；i>res[i]；
cout您的二进制文件输出几乎正确；但是您对文件中的偏移量和要写入的数据量的计算不正确。您希望偏移量为

MPI_Offset offset = sizeof(double)*Pstart;

不是

否则，您将使每个列组覆盖其他列组的数据，因为（
nprocs=5
中的第3列开始写入文件中的双倍数字3，而不是（30/5）*3=18）

另外，您希望每个列组写入
NNN/nprocs
double，而不是
sizeof（double）
double，这意味着您需要

MPI_File_write(file, localArray, NNN/nprocs, MPI_DOUBLE, &status);

如何以文本文件的形式编写是一个更大的问题；您必须在内部将数据转换为字符串，然后输出这些字符串，通过仔细设置格式确保您知道每行需要多少字符。本网站中介绍了这一点

MPI_File_write(file, localArray, NNN/nprocs, MPI_DOUBLE, &status);