一个有趣的cron、bash、perl和java问题

本质上，我有一个perl工作流，它通过system命令运行一套java工具（对于熟悉Broad Institute软件的人，请使用GATK4中的picard）。如果成功，这些gatk4命令将返回代码0。当我手动启动perl工作流（RHE7.6）时，一切似乎都很顺利

但是，如果同一工作流作为cron作业的一部分运行，则在成功时返回0的Gatk4进程将失败，如下所示：

0,15,30****/usr/bin/flock-n/tmp/QAQC.lock-c“/seq/QAQC/bin/launch_QAQC.pl 1>>launch_QAQC.log 2>>launch_QAQC.err”

我怀疑使用–c选项运行flock会导致这些作业（以及perl管道）中止

非常感谢您提供的任何见解

谢谢

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编辑：找到了解决方案，因为问题不在于flock。Cron没有看到与交互式shell相同的env变量。

您能告诉我在launch_QAQC.err文件中收到了什么错误消息吗？您能删除“，”并执行脚本，例如0 15 30**根据corntab语法检查此url[分钟][小时][月的日][年的月][周的日][命令]因此，请检查您当前的语法，并尝试以与via cron相同的用户和当前目录运行？验证没有环境变量差异（检查perl脚本中的%ENV）？你试过没有羊群吗？你说的“流产”是什么意思？STDERR上记录了什么？该过程的退出代码是什么？您能告诉我您在launch_QAQC.err文件中收到了什么错误消息吗？您能删除“，”并执行脚本，例如0 15 30**检查此url吗？请按照corntab语法[分钟][小时][月日][年月日][周日][命令]因此，请检查您当前的语法，并尝试以与via cron相同的用户和当前目录运行？验证没有环境变量差异（检查perl脚本中的%ENV）？你试过没有羊群吗？你说的“流产”是什么意思？STDERR上记录了什么？流程的退出代码是什么？