如何让rJava 0.9-3在带有Oracle Java 1.7的OS X 10.7.4上运行？

有没有人能够让rJava 0.9-3使用Oracle Java 1.7在OS X 10.7.4上运行

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat" Platform
x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

java version "1.7.0_09"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode)

我已经使用install.packages函数和R 2.15.2的命令行安装安装了rJava。我没有发现任何错误

$ R CMD INSTALL rJava
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library’
* installing *binary* package ‘rJava’ ...

* DONE (rJava)
$ 

如果我使用Java首选项将1.7放在列表的第一位，但保留1.6“开”，rJava总是从1.6开始

如果我使用Java首选项将1.7放在第一位，并关闭1.6，rJava会执行以下操作：

> library(rJava)
> .jinit()
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1
> 

然而，通过使用系统函数，R本身可以找到Java1.7

> system("java -version")
java version "1.7.0_09"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode)
> 

1.7是否需要/System/Library/Java/JavaConfig.plist中的特殊条目

1.7版本目录是否需要调整？奇怪的是，CurrentJDK被映射到1.6，而CurrentJDK被映射到1.7

$cd /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Versions/
$ls -la
total 64
drwxr-xr-x  11 root  wheel  374 Sep 26 10:10 .
drwxr-xr-x  11 root  wheel  374 Nov 26 09:24 ..
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.4 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.4.2 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.5 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.5.0 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.6 -> CurrentJDK
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   10 Sep 26 10:09 1.6.0 -> CurrentJDK
drwxr-xr-x   8 root  wheel  272 Nov 26 09:24 A
lrwxr-xr-x   1 root  wheel    1 Sep 26 10:09 Current -> A
lrwxr-xr-x   1 root  wheel   59 Sep 26 10:09 CurrentJDK -> /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents

即使使用直接指向1.7文件或/usr/bin/java路径的R CMD javareconf运行，rJava仍然无法找到或启动java 1.7

> system("java -version")
java version "1.7.0_09"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_09-b05)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.5-b02, mixed mode)
> 

1.7是否需要JAVA_LD_LIBRARY_PATH变量集

Makeconf:JAVA = /usr/bin/java
Makeconf:JAVAC = /usr/bin/javac
Makeconf:JAVAH = /usr/bin/javah
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include

Makeconf:JAR = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/jar
Makeconf:JAVA = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Makeconf:JAVAC = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javac
Makeconf:JAVAH = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/bin/javah
Makeconf:JAVA_HOME = /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre
Makeconf:JAVA_LD_LIBRARY_PATH = 
Makeconf:JAVA_LIBS = -framework JavaVM
Makeconf:JAVA_CPPFLAGS = -I$(JAVA_HOME)/include

谢谢你的帮助

更新1:

我在rosuda-devel统计数据列表上问了这个问题，并收到了Simon Urbanek的以下回复。我不认为Windows和Linux在需要从源代码处编译Java1.7时会遇到同样的问题，因为我们在Windows和Linux上运行它，不需要编译rJava。一旦有机会尝试，我将向您汇报：

您使用的是针对Java系统编译的二进制文件 （在您的系统上是1.6）-因此，如果您删除Java1.6，您将崩溃 信息技术如果您想使用Java1.7，您必须为重新配置R Java 1.7并重新编译rJava以使用这些设置。注意 Oracle的Java生活在一个完全不同的地方 （/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk）比系统 Java（/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework），所以它不是 可互换的

此外，Oracle Java 1.7不是一个框架，它是一个大烂摊子 并不是真正为OSX设计的，所以您必须手动将其设置为 像Linux上的设置-这是相当痛苦的。还需要 覆盖。。。如果你真的想去兔子洞，这个 是什么对我有用：

JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/lib/server
JAVA_LIBS='-L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm'
JAVA_CPPFLAGS='-I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_09.jdk/Contents/Home/include/darwin'
R64 CMD javareconf

然后从源代码安装rJava（R64-> install.packages（“rJava”，type='source'））。注意它是64位的， 因此，它只适用于64位R

这对我很有用：

情况是我的Java目录配置不正确

1） 第一次运行：

sudo R CMD javareconf

。它应包括以下内容：

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_40
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include    -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
llvm-gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

2） 在R中，运行：

install.packages（“rJava”，type='source'）

。安装应返回完成（rJava）。注意，我必须设置

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home

当我需要以root:sudor.的身份启动R时，要以普通用户的身份运行，请使用

JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.7.0_40.jdk/Contents/Home/jre

碰巧我没有将上面/usr/bin/java*的符号链接设置为Java1.7中相应的符号链接（改为1.6版），因此我感到非常沮丧。链接应该是这样的：（看起来R中只需要java、javac、javah和jar）

---

终于有办法了

西蒙·乌尔巴内克：你能把这些说明放在rJava网站/cran安装说明上吗。。。？这是我第一次进入这个兔子洞，我相信我不是唯一一个

JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server JAVA_LIBS='-L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm' JAVA_CPPFLAGS='-I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin' R CMD javareconf
Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_77
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/bin/jar
System Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin
detected JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home
Java library path: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server
JNI cpp flags    : -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/include/darwin
JNI linker flags : -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_77.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf? (y/n [n]) y
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/ldpaths? (y/n [n]) y
Done.

R CMD INSTALL rJava_0.9-9.tar.gz

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我在这里没有任何特别的见解，但您可能希望从源代码安装rJava，或者尝试统计rosuda-devel邮件列表。我确实在列表中询问过，刚刚收到一个答案。我会把它添加到上面的原始问题中。谢谢你用西蒙的答案更新它。如果不是横向滚动的代码格式，阅读起来就更容易了。@java_xof-你倒过来了-Linux就是这个烂摊子的来源-为了让Linux标志正常工作，我们必须跳过很多障碍。Mac上的东西都是框架，所以根本不需要复杂的标志。然而，Oracle只是将Linux安装程序放在了OSX上，这就是为什么它如此脆弱的原因。Oracle现在基本上需要在OS X上安装Linux补丁，而在需要的地方没有补丁，这就是它不起作用的原因。@SimonUrbanek-不要生气，冷静，让速度而不是战争；对我和我的同事来说，我们试图避免任何Java应用程序在linux上运行，尽管我们编写了一些在MS Win和linux上运行的小型Java应用程序，但MAC OS总是存在问题；也就是说，如果我们选择商业操作系统，我们会选择linux（也许在少数几台台式机上会赢），这就是全部——请记住，我从来没有使用过MAC操作系统。。。干杯，向所有人欢呼#2帮助了我，特别是在我的install.packages（“rJava”，type='source'）中添加了“type='source'”。我在安装xlsx软件包时遇到了这个问题。