Java中带类文件的I/O

我正在编写一个IO设备，它将类定义（类文件）及其当前状态（数据/变量值）写入文件。现在写状态是好的，但它的定义是我有一个问题

我知道如何在反射API中使用Javacompiler类，但我不确定编译器是如何完成它的工作的

假设我正在编译类A的源代码，这个类引用了类B等等。我的怀疑是

1） 编译器会递归编译类B及其依赖项吗

2） 如果是这样的话，我应该也写所有这些文件吗

3） 有没有更好的办法来解决这一切

我想让我的IO文件几乎像一个迷你应用程序，源代码和它们的数据共存。我已经制作了一个系统，在这个系统中，只有数据可以用单独的IO类写入（而不是序列化），但我想更进一步