从internet将json文件读入R-遇到麻烦</html>；线_Json_R

从internet将json文件读入R-遇到麻烦</html>；线

json r

从internet将json文件读入R-遇到麻烦</html>；线,json,r,Json,R,我试图使用jsonlite包将以下JSON数据库读入R library(jsonlite) db <- fromJSON("http://www.stbates.org/funguild_db.php", flatten=TRUE) library（jsonlite） db@MrFlick是正确的，因为它不是提供数据的好方法。但和往常一样，这是有办法的。在这里，我使用rvest刮取整个页面，然后gsub删除第一个字符串，它恰好是url的最后一部分（减去.php扩展名） url% html

我试图使用

jsonlite

包将以下JSON数据库读入R

library(jsonlite)
db <- fromJSON("http://www.stbates.org/funguild_db.php", flatten=TRUE)

library（jsonlite）
db@MrFlick是正确的，因为它不是提供数据的好方法。但和往常一样，这是有办法的。在这里，我使用rvest
刮取整个页面，然后gsub
删除第一个字符串，它恰好是url的最后一部分（减去.php扩展名）
url%
html_text（）
这根本不是一个正确的JSON文件。它是一个HTML文件，碰巧包含类似于JSON的数据。我不知道为什么有人会以这种方式提供数据，这似乎是个错误。@MrFlick-wow。好了，现在这就更有意义了。生物学家建立自定义数据库，这种情况有时会发生。。。。
Error in parse_con(txt, bigint_as_char) : 
  lexical error: invalid char in json text.
                                       <html> <head> <title>funguild_d
                     (right here) ------^

url <- "http://www.stbates.org/funguild_db.php"

library(rvest)
library(jsonlite)

js <- url %>% 
    read_html() %>%
    html_text() 

js <- jsonlite::fromJSON(gsub("funguild_db", "", js))

head(js[, 1:5])

#                       $oid                  taxon taxonomicLevel trophicMode          guild
# 1 58f450f1791497fd28ebfccc Xanthomonas campestris             20  Pathotroph Plant Pathogen
# 2 58f450f1791497fd28ebfccd  Xanthomonas juglandis             20  Pathotroph Plant Pathogen
# 3 58f450f1791497fd28ebfcce         Xanthoparmelia             13 Symbiotroph     Lichenized
# 4 58f450f1791497fd28ebfccf           Xanthopeltis             13 Symbiotroph     Lichenized
# 5 58f450f1791497fd28ebfcd0            Xanthopsora             13 Symbiotroph     Lichenized
# 6 58f450f1791497fd28ebfcd1         Xanthopsorella             13 Symbiotroph     Lichenized