Language agnostic 在一个步骤（命令）中按具有相同标识符的列连接两个制表符分隔的文件？

我经常想连接两个ascii文件，这两个文件都是表，因为它们由由tab分隔的列组成，如下所示：

文件1

FRUIT   ID
apple   alpha
banana  beta
cherry  gamma

文件2

ID  FOOBAR
alpha   cat
beta    dog
delta   airplane

我想通过一个内部连接将它们连接起来：

FRUIT   ID  FOOBAR
apple   alpha   cat
banana  beta    dog

或使用左连接：

FRUIT   ID  FOOBAR
apple   alpha   cat
banana  beta    dog
cherry  gamma   n/a

（用于连接的标识符不一定是唯一的。）

到目前为止，我正在做的是：

复制不带标题的输入文件

按列对输入文件进行排序

在已排序的版本上使用linux join命令

删除中间文件

这很容易出错，因为我需要对列进行计数，以便在以后按数字将它们指定为“排序”和“连接”（对于大量列和非常宽的列，更容易出错），我不能忘记指定tab是分隔符，并且每次都需要删除/插入/修复标题等

---

有人能推荐一种更简单的方法吗？最好是在不需要排序的地方，在哪里可以按名称而不是编号指定列？类似于“joincommand ID file1 file2>result”

您可以使用bash脚本自动执行任务，而无需使用临时文件，如本例所示：

#!/bin/bash

id="$1"
file1="$2"
file2="$3"

# get a filename as a parameter
# read first line of file to get $id position
get_pos() {
  awk -v id="$id" '{
      for (i = 1; i <= NF; i++)
        if ($i == id) {
          print i
          exit
        }
    }' "$1"
}

# get $id positions from headers of the two files
pos1=$(get_pos "$file1")
pos2=$(get_pos "$file2")

# print header
printf "%s\t" "$id"
head -n1 "$file1" | sed -r "s/$id(\t|$)//" | tr -d '\n'
head -n1 "$file2" | sed -r "s/$id(\t|$)//"

# print data, add -a1 option for left join
join -t$'\t' -1 $pos1 -2 $pos2 \
  <(tail -n+2 "$file1" | sort) \
  <(tail -n+2 "$file2" | sort)

#/bin/bash
id=“$1”
file1=“$2”
file2=“$3”
#获取文件名作为参数
#读取文件的第一行以获取$id位置
get_pos（）{
awk-v id=“$id””{
对于（i=1；i，您可以使用bash脚本自动执行任务，而无需使用临时文件，如本例所示：

#!/bin/bash

id="$1"
file1="$2"
file2="$3"

# get a filename as a parameter
# read first line of file to get $id position
get_pos() {
  awk -v id="$id" '{
      for (i = 1; i <= NF; i++)
        if ($i == id) {
          print i
          exit
        }
    }' "$1"
}

# get $id positions from headers of the two files
pos1=$(get_pos "$file1")
pos2=$(get_pos "$file2")

# print header
printf "%s\t" "$id"
head -n1 "$file1" | sed -r "s/$id(\t|$)//" | tr -d '\n'
head -n1 "$file2" | sed -r "s/$id(\t|$)//"

# print data, add -a1 option for left join
join -t$'\t' -1 $pos1 -2 $pos2 \
  <(tail -n+2 "$file1" | sort) \
  <(tail -n+2 "$file2" | sort)

！/bin/bash
id=“$1”
file1=“$2”
file2=“$3”
#获取文件名作为参数
#读取文件的第一行以获取$id位置
get_pos（）{
awk-v id=“$id””{
对于（i=1；i而言，完全不同的方法是使用轻量级SQL工具，如sqlite

您可以创建两个表：

$ sqlite3
SQLite version 3.7.2 
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> create table fruit (fruit varchar(20), id varchar(20));
sqlite> create table foobar (id varchar(20), foobar varchar(20));

将选项卡设置为分隔符并加载文件：

sqlite> .separator "\t"
sqlite> .import file1 fruit
sqlite> .import file2 foobar

删除标题：

sqlite> delete from fruit where id = 'ID';
sqlite> delete from foobar where id = 'ID';

然后执行您需要的所有查询：

sqlite> select fruit.id, fruit, foobar from fruit, foobar where fruit.id = foobar.id;
alpha   apple   cat
beta    banana  dog
sqlite> .quit
$ 

在bash-here-docs的帮助下，还可以自动执行任务：

#!/bin/bash

sqlite3 <<-EOF
        create table fruit (fruit varchar(20), id varchar(20));
        create table foobar (id varchar(20), foobar varchar(20));
        .separator "\t"
        .import file1 fruit
        .import file2 foobar
        delete from fruit where id = 'ID';
        delete from foobar where id = 'ID';
        select fruit.id, fruit, foobar from fruit, foobar where fruit.id = foobar.id;
        .quit
EOF

！/bin/bash
sqlite3一种完全不同的方法是使用轻量级SQL工具，如sqlite

您可以创建两个表：

$ sqlite3
SQLite version 3.7.2 
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> create table fruit (fruit varchar(20), id varchar(20));
sqlite> create table foobar (id varchar(20), foobar varchar(20));

将选项卡设置为分隔符并加载文件：

sqlite> .separator "\t"
sqlite> .import file1 fruit
sqlite> .import file2 foobar

删除标题：

sqlite> delete from fruit where id = 'ID';
sqlite> delete from foobar where id = 'ID';

然后执行您需要的所有查询：

sqlite> select fruit.id, fruit, foobar from fruit, foobar where fruit.id = foobar.id;
alpha   apple   cat
beta    banana  dog
sqlite> .quit
$ 

在bash-here-docs的帮助下，还可以自动执行任务：

#!/bin/bash

sqlite3 <<-EOF
        create table fruit (fruit varchar(20), id varchar(20));
        create table foobar (id varchar(20), foobar varchar(20));
        .separator "\t"
        .import file1 fruit
        .import file2 foobar
        delete from fruit where id = 'ID';
        delete from foobar where id = 'ID';
        select fruit.id, fruit, foobar from fruit, foobar where fruit.id = foobar.id;
        .quit
EOF

！/bin/bash
sqlite3