在linux中将tab转换为fasta格式

我有一个文本（

infle table.txt

）文件，其中两列由如下制表符分隔：

TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2]  TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2] CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2]  GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

>TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2] 
TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
>TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2]    
CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
>len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2] 
GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

我想这样转换它们：

TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2]  TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2] CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2]  GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

>TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2] 
TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
>TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2]    
CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
>len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2] 
GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

我尝试过的命令无效：

awk '{printf ">%s\n%s\n",$1,$2}' infile-table.txt > outfile.fasta

您只是缺少“制表符分隔”位：

如果您愿意，可以将awk程序简化一点：将输出字段分隔符设置为换行符，然后：

awk -F'\t' -v OFS='\n' '{$1 = ">" $1} 1' infile-table.txt 

当您更改第一个字段时，awk将使用OFS重新创建$0，后面的“1”将打印记录

而且，由于您添加了标记：

---

使用python！创建一个名为“extract.py”的文件：

---

然后，在终端中运行：“python extract.py”。

太棒了！谢谢你的解释。为什么你认为它不起作用？@ghoti当然，我不知道如何在awk中选择

\t

功能。

lines = open("infile-table.txt").readlines()

for line in lines:
    cols = line.split("\t")
    print(">"+cols[0]+"\n"+cols[1])