Linux 在集群中运行singularity docker

对于sientific项目，我需要在这里使用singularity项目：

我通过运行包装器脚本来运行它：bash-dfam-tetools.sh

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh
RepeatModeler -h
echo "test"

然后我得到了一个新的环境：

(dfam-tetools /beegfs/data/TOOLS/TETools)$ 

然后我可以在docker里面运行我需要的所有软件

但问题是，如何在集群中以相同的方式运行（例如使用

slurm

或

SGE

？）

我尝试创建一个bash文件，例如：

testrun.sh

#!/bin/bash
bash /beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.sh
RepeatModeler -h
echo "test"

但我只得到输出：

/var/spool/slurmd/job2055108/slurm_script: line 3: RepeatModeler: command not found
test

是否有人已在群集中运行docker？

编辑

由于需要访问不在当前目录中的另一个目录，因此应运行singularity命令，而不是

dfam tetools.sh

脚本：

singularity run-B/data:/datadocker://dfam/tetools:latest RepeatModeler-h

原始接受答案：

通过查看文档和脚本

dfam tetools.sh

，您应该编写：

#/bin/bash
bash/beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-TETools.sh——RepeatModeler-h

如果需要运行更多命令，我建议将它们写入bash文件，并按以下方式运行此文件：

#/bin/bash
bash/beegfs/data/TOOLS/TETools/dfam-TETools.sh——bash-myscript.sh

仔细阅读文档，因为它写得很好

来自chippycentra： 编辑：多亏了frodon，以下代码为我工作：

singularit

y运行-B//beegfs/data/user1////beegfs/data/user1/docker://dfam/tetools:latest BuildDatabase-name$Sp_name.DB-engine rmblast$ASSEMBLY

---

其中

/beegfs/data/user1/

是找到文件的路径

好的，谢谢，但现在我面临一个新问题：由于我在docker中，软件找不到我调用的文件：我得到

文件不存在

，即使我给出了完整的路径，我也不太熟悉它，我应该同时给出一个环境路径吗？

dfam tetools.sh

脚本将当前目录装载为容器中的

/work

。如果您的文件位于当前目录中，请在脚本

myscript.sh

中写入

/work/my_file

。您也可以将

/work

称为

$HOME

。如果文件不在当前目录下，例如/data/path1/path2/file.fat，该怎么办？然后，您必须自己运行singularity命令并提供一个绑定选项：

singularity run-B/data:/datadocker://dfam/tetools:latest bash myscript.sh

如果使用docker，该命令有更多选项：

docker run-it--rm--init--mount type=bind，source=$（pwd），target=/work--mount type=bind，source=/data，target=/data--user“$（id-u）：$（id-g）”--workdir”/work--env“HOME=/work”dfam/tetools:latest bash myscript.sh

（显然无法测试该命令）