Linux 深渊pe：用一个命令组合多个基因组的变量

我如何重写下面的内容，用我的genomeID正确地替换变量？（我在Spades和Masurca汇编程序中使用了这种方法，所以关于Abysis的一些东西不喜欢这种方法，我需要一种解决方法）

我试图在群集服务器上运行Abysis，但在abyss pe读取变量输入时遇到了问题：

我的提交文件为.txt文件中列出的每个基因组加载一个脚本

我的脚本在整个脚本中都以基因组名称书写

深渊总成摸索变量更换

Input.sub：

queue genomeID from genomelisttest.txt

Input.sh：

#!/bin/bash
genomeID=$1
cp /mnt/gluster/harrow2/trim_output/${genomeID}_trim.tar.gz ./
tar -xzf ${genomeID}_trim.tar.gz
rm ${genomeID}_trim.tar.gz
for k in `seq 86 10 126`; do
    mkdir k$k
    abyss-pe -C k$k name=${genomeID} k=$k lib='pe1 pe2' pe1='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_2.fq.gz' pe2='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_2.fq.gz' 
done

我得到的错误：

`../enome_trim/enome_L1_1.fq.gz': No such file or directory

这就是“enome”应该被一个五位数的genomeID替换的地方，这在脚本的前半部分中正确地发生了，直到现在，深渊出现了

pe1='../'"$genomeID"'_trim/'"$genomeID"'_L1_1.fq.gz ...'

我在变量前后添加了一个引号

---

我在变量

pe1='../${genomeID}\u trim/${genomeID}\u L1_1.fq.gz.'

-

${genomeID}

之前和之后添加了一个单引号，可能由于单引号的缘故而没有被替换。你可能需要双引号来替换外壳（如果你想要的话）。我也用“$genomeID”试过了，得到了同样的结果。你的意思是我应该尝试pe1=“…”，etc

pe1='../${genomeID}\u trim/${genomeID}\u L1_1.fq.gz…“

-

${genomeID}

可能由于单引号而没有被替换。你可能需要双引号来替换外壳（如果你想要的话）。我也用“$genomeID”试过了，得到了同样的结果。你的意思是我应该试试pe1=“…”，等等