Linux 按一个字段合并行

我有这样一个文件：

readA    chr1    229665946 229666155 +  ABCB10  NM_012089   exon6
readA    chr1    229667383 229667478 +  ABCB10  NM_012089   exon7
readA    chr1    229675203 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

readA    chr1    229665946 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon6,exon7,exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

我想按第一列合并它，如下所示：

readA    chr1    229665946 229666155 +  ABCB10  NM_012089   exon6
readA    chr1    229667383 229667478 +  ABCB10  NM_012089   exon7
readA    chr1    229675203 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

readA    chr1    229665946 229675338 +  ABCB10  NM_012089   exon6,exon7,exon8
readB    chr2    229675000 229675888 +  KGB09   NM_022158   exon2

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因此，第一列和染色体位置被合并，我试图通过awk或bedtool合并来解决这个问题，但失败了。有人能帮我吗？非常感谢

以下内容可能会对您有所帮助

awk '{a[$1]=a[$1]?a[$1] OFS $NF:$0} END{for(i in a){print a[i]}}' OFS=,   Input_file

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欢迎来到SO，当你说你试图修复某个问题时，请在代码标签中将该尝试也添加到你的帖子中。@Charlie，酷，看看这是当有人帮助时我们必须做的，谢谢！我不知道如何在awk中使用数组，所以起初我尝试将文件拆分成几个tmp文件，然后进行排序、grep等，但这种方法显然更快！但是，除了用逗号合并最后一列之外，我还想合并染色体区域。我运行了你的代码，但染色体区域没有合并。@Charlie，哪一个是染色体字段，请确认一次？每行3美元是染色体区域的起点，4美元是停止点。在这种情况下，我想打印：readA chr1 line\u 1\u start line\u 3\u end+ABCB10 NM\u 012089 exon6、exon7、exon8