如何在平台LSF的bsub数组作业参数中使用LSB_作业索引？

我想将

LSB_JOBINDEX

作为参数传递给脚本，而不是使用环境变量

这使得我的脚本更不依赖LSF，并避免创建使用环境变量的帮助器脚本

但是，我无法在参数中使用

LSB_JOBINDEX

：它只作为初始命令字符串的一部分工作

例如，在bash shell中，我使用test命令：

bsub -J 'myjobname[1-4]' -o bsub%I.log \
  'echo $LSB_JOBINDEX' \
  '$LSB_JOBINDEX' \
  \$LSB_JOBINDEX \
  '$LSB_JOBINDEX' \
  "\$LSB_JOBINDEX"

say

bsub2.log

的输出为：

2 $LSB_JOBINDEX $LSB_JOBINDEX $LSB_JOBINDEX $LSB_JOBINDEX

因此，在本例中，仅扩展了第一个

$LSB_JOBINDEX

，而没有扩展以下任何一个

但是我不希望像本例中的

'echo$LSB_JOBINDEX'

那样将整个命令作为一个巨大的字符串传递。我更喜欢像在常规bash命令中那样使用单独的参数

我也尝试过使用

%I

，但它只适用于

-o

和相关的

bsub

选项，而不适用于命令本身

相关的：

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在LSF 10.1.0中测试。相关文档：

如果参数以

$

开头，bsub将在参数周围添加单引号。例如如果bsub命令行是

bsub command -a $ARG1 -b $ARG2

然后bsub将在第2个和第4个参数的参数中添加引号。命令的存储方式如下

command -a '$ARG1' -b '$ARG2'

防止这种情况的一种方法是将命令放入脚本中。像这样：

$ cat cmd
echo $LSB_JOBINDEX
echo "line 2"
echo $LSB_JOBINDEX

然后像这样运行您的作业：

$ bsub -I < cmd
Job <2669> is submitted to default queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostA>>
0
line 2
0

编辑2

制表符文字也可以使用。并不是说它更好

$ bsub -I echo "       \$LSB_JOBINDEX" "       \$LSB_JOBINDEX"
Job <2687> is submitted to default queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostA>>
0 0

$bsub-I echo“\$LSB\u作业索引”\$LSB\u作业索引”
作业已提交到默认队列。
0 0

谢谢你的回答，Michael。我想避免问题中提到的助手脚本。控制角色的破解很有趣：-）但我想我现在还是坚持使用助手脚本；-）

$ bsub -I echo "       \$LSB_JOBINDEX" "       \$LSB_JOBINDEX"
Job <2687> is submitted to default queue <normal>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostA>>
0 0