（反）将MATLAB图形对象从Python序列化/反序列化到Python

有一个。我想反序列化一个带有许多节点和边属性的图，这些属性通过MATLAB函数序列化为Python。我知道and（对于MatlabV7.3

save

d文件），但这两个文件似乎都没有在Python中生成一个表示形式，它实际上保存了可理解的顶点/边数据

我该怎么做？我关心的是这个和逆运算，也就是说，将一个对象从Python写入MATLAB可以读取的格式。是否存在序列化MATLAB对象和/或某个图形的字节数据描述

例如，在MATLAB中，我可以：

s = [1 1 2 2 3];
t = [2 4 3 4 4];
G = digraph(s,t);
G.Edges.Rand = rand(size(G.Edges)); % Add an edge attribute
G.Nodes.Val = rand(size(G.Nodes)); % Add a node attribute

save('loadmat.mat', 'G'); % Readable by scipy.io.loadmat
save('h5py.mat', 'G', '-v7.3'); % Readable by h5py.File

然后，我可以用Python阅读这些

from scipy.io import loadmat
G0 = loadmat('loadmat.mat')

from h5py import File
G1 = File('h5py.mat')

两者似乎都没有给我顶点/边数据，或者我只是缺少了它

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感谢

有向图对象是用户定义的对象类型，而不是基本的MATLAB类型之一；难怪python不理解它。请注意，如果MATLAB没有保存对象的类的工作定义（可在路径中访问），则即使MATLAB也无法理解保存的对象布局

您可能希望保存邻接矩阵：

A = full(adjacency(G));
save('adjacency.mat', 'A');

或关联矩阵：

I = full(incidence(G));
save('incidence.mat', 'I');

什么更适合你

后期编辑

另一种方法是强制对象成为POD（普通的旧数据），以便更好地被

loadmat

理解：

S = struct(G);
save('pod_digraph.mat', 'S');

---

但请记住，你可以访问所有信息；从属属性将按此方式保存；为了保持一致性，您需要自己重新创建类的接口（例如，邻接矩阵和关联矩阵都可以根据相同的内部信息动态构建，这两种信息可能看起来都不一样）。此外，除非构造器知道如何将POD转换为原始对象，否则无法将POD转换为原始对象。

有向图对象是用户定义的对象类型，而不是基本的MATLAB类型之一；难怪python不理解它。请注意，如果MATLAB没有保存对象的类的工作定义（可在路径中访问），则即使MATLAB也无法理解保存的对象布局

您可能希望保存邻接矩阵：

A = full(adjacency(G));
save('adjacency.mat', 'A');

或关联矩阵：

I = full(incidence(G));
save('incidence.mat', 'I');

什么更适合你

后期编辑

另一种方法是强制对象成为POD（普通的旧数据），以便更好地被

loadmat

理解：

S = struct(G);
save('pod_digraph.mat', 'S');

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但请记住，你可以访问所有信息；从属属性将按此方式保存；为了保持一致性，您需要自己重新创建类的接口（例如，邻接矩阵和关联矩阵都可以根据相同的内部信息动态构建，这两种信息可能看起来都不一样）。此外，除非构造函数知道如何将POD转换为原始对象，否则无法将POD转换为原始对象。

这样做的冗长但特定的方法是用类似的方式为G定义一个模式。使用该模式，您可以自动为Python和Java生成serialiser源代码（可以在Matlab中使用）。这将允许您在Matlab和Python之间交换G，或者在其他任何东西之间交换G

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您可能需要手工编写代码来转换G在Matlab中的存储方式和protoc选择在Java中表示模式中定义的消息的方式。你将无法（我相当肯定）完成Ggpb=G。如果Java和Matlab都支持类型反射，那么你可能会写一些简洁的东西来自动完成……

完成这项工作的冗长但确定的方法是用类似的方式定义G的模式。使用该模式，您可以自动为Python和Java生成serialiser源代码（可以在Matlab中使用）。这将允许您在Matlab和Python之间交换G，或者在其他任何东西之间交换G

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您可能需要手工编写代码来转换G在Matlab中的存储方式和protoc选择在Java中表示模式中定义的消息的方式。您将无法（我相当肯定）执行Ggpb=G。如果Java和Matlab都支持类型反射，那么您可能会编写一些简洁的代码来自动执行……

这将不起作用，因为我有属性图（我已经澄清了这个问题）。此外，loadmat实际上能够读取序列化matlab对象上的标题，并找出它是一个有向图，因此这必须是可行的。@quine您想在这方面投入多少精力？由于IMO无法自动执行此操作，因此您可以使用两种语言编写I/O函数，将本地对象存储和检索为通用存储格式（在这里您可以选择任何您想要的格式：XML、JSON等），或者使用每种语言编写函数，直接以另一种语言的格式导出（这很混乱）。最后一个需要一些黑客和逆向工程。祝你好运@quine关于

loadmat

看到.mat文件中的

digraph

对象，我想打个比方：你在记事本中打开一个文件，你看到它以PK开头，你就知道它是一个ZIP存档。但这并不意味着你可以在记事本中阅读档案的内容；你需要一些其他的东西来读取归档文件的内容。我愿意写尽可能多的代码，但我想让matlab用户不透明地保存，让我在python端进行提升以读取/写入matlab数据。看来这是不可能的。我知道loadmat可能不理解保存的对象中包含的数据，但它可以读取标题，这意味着他们比我更了解序列化的matlab对象。我真正需要的是对数据结构的描述，但这似乎很难找到。@quine希望这会有所帮助：这不起作用，因为我有属性图（我已经澄清了这个问题）。此外，loadmat实际上能够读取序列化matlab obje上的标题