Matlab 基于颜色的最大强度投影

大家好，我有一堆荧光标记粒子的图像，它们在时间中移动。imagestack是灰度的

我计算了一个最大强度投影，通过取第三维度中图像堆栈的最大值

Example:
ImageStack(x,y,N) where N = 31 image frames.

2DProjection = max(ImageStack,[],3)

现在，由于2D投影图像是黑白的，我希望指定一个颜色梯度，这样我就可以感觉到粒子在时间中的流动。有没有一种方法可以用颜色覆盖这个图像，这样我就可以知道粒子从哪里开始，在哪里结束

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谢谢

您可以使用

max

的第二个输出来获取特定最大值来自哪个帧

max

返回一个索引矩阵，该矩阵指示每个最大值的索引，在您的情况下，该索引矩阵将是它发生的特定帧。如果将其与

imagesc

功能一起使用，您将能够绘制粒子如何随时间移动。例如：

ImageStack(x,y,N) where N = 31 image frames.

[2DProjection,FrameInfo] = max(ImageStack,[],3);
imagesc(FrameInfo);
set(gca,'ydir','normal'); % Otherwise the y-axis would be flipped

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在给每个图像着色后，可以将每个图像的明亮像素相加。这样，您将在重叠区域上使用混合颜色，而您将无法使用max函数。虽然我比我更喜欢前面的答案

hStep = 1/N;
currentH = 0;
resultImage = uint8(zeros(x,y,3));
for i = 1 : N
   rgbColor = hsv2rgb(currentH,1,0.5);
   resultImage(:,:,1) = resultImage(:,:,1) + im(:,:,i) * rgbColor(1);
   resultImage(:,:,2) = resultImage(:,:,2) + im(:,:,i) * rgbColor(2);
   resultImage(:,:,3) = resultImage(:,:,3) + im(:,:,i) * rgbColor(3);
   currentH = currentH + hStep;
end

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你说的颜色渐变是什么意思？是否要根据2D投影中的像素强度设置颜色栏？为什么colormap（jet）或colormap（hot）不适用于您的案例？谢谢，这个颜色表示时间。所以蓝色是第1帧（第一个时间点），红色是第31帧（最后一个时间点）。二维投影将成为粒子跟随的轨迹。我试着用颜色来形象化粒子的起始和结束位置，重点基本上是获得粒子在时间中流动的感觉。我不确定是否最好的方法是叠加颜色。但我认为这可能是第一次开始。这是一个非常巧妙、快速的解决方案。非常感谢。看起来也没那么糟。如果您对这样的分析有任何其他想法，我很乐意听听。非常感谢您的帮助，我从您的代码中学到了一些新东西。正如我在上一张海报上所说的，如果您对这样的流分析有任何其他想法，我很乐意听听。再次感谢！感谢您尝试改进我对另一个问题的回答，尽管它被主持人拒绝了，但他们可能认为它更适合作为评论+1.谢谢你的回答。谢谢