Matlab 计算文件夹中多个图像的唯一变换

我目前正在编写一个对齐脚本，它可以很好地对齐两个图像。通常，我会得到一个包含50多个细胞图像的数据集。我通常根据荧光珠计算变换矩阵（T）。然而，这种T矩阵在未极化的细胞中引起极化，表明这种转换不是最优的。因此，我切换到另一个脚本，它基于细胞而不是珠子计算T矩阵。这种新的T矩阵几乎完美地对准了一小部分细胞，但总有一部分图像的对准不太好。 我想继续单元格上的对齐，因为此脚本比珠子上的对齐效果好得多。为了获得每个图像的最佳T矩阵，我想计算每个图像对的唯一T矩阵。我对Matlab不是很熟练，所以我能想到的解决方案不起作用

您可以在下面找到当前脚本。它通过创建我想要对齐的图像的变量来工作，并在脚本中将它们分配给im1和im2：

    function [T] = alim(im1, im2, Tstart)
    %ALIM Determines the transformation between the cameras.

    im3=im2;
    if (nargin>2)
    im2=imwarp(im2, Tstart,'OutputView',imref2d(size(im1)));
    end


    optimizer = registration.optimizer.RegularStepGradientDescent;
    optimizer.MaximumIterations=500;
    metric = registration.metric.MattesMutualInformation;

    T = imregtform(im2, im1, 'affine', optimizer, metric);

    if (nargin>2)
    T.T=Tstart.T*T.T;
    end

    figure;
    imshowpair(im1,imwarp(im3,T,'OutputView',imref2d(size(im1))));
    end

我尝试合并一个循环，该循环按顺序导入文件夹中的所有图像，并将这些图像分配给im1和im2。然而，出现的问题是，数据类型从uint16更改为cell，而cell不能用于这种类型的转换。在脚本中定义文件夹“CAM1”和“CAM2”的位置以及这些文件夹中的图像数量（“imnum”）

我想听听您对这个问题的看法，希望您能就如何一次性将图像导入文件夹并保持数据类型uint16提出一些建议。我总是乐于听取建议，所以如果你对如何解决我的问题有其他想法，我会很乐意与我分享。如果有任何不清楚的地方，请与我联系并提出问题

致以亲切的问候

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Reinier

x

是一个单元数组，其中每个元素

x{i}

是一个uint16数组。单元数组可以保存任何其他数据类型，包括更多的单元数组，是包装对象集合的好方法，尤其是当对象集合的大小和/或类型可能不同时

在您的情况下，只需按如下方式调用函数：

T = alim(x{i}, y{i}, tstart);

或者，更好的是，将输出矩阵放入类似的单元格中：

T{i} = alim(x{i}, y{i}, tstart);

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x

是一个单元格数组，其中每个元素

x{i}

都是一个uint16数组。因此，如果我将im1分配给x{i}，它应该基于uint16数据进行转换？我不知道，我无法告诉您如何尝试调用该函数

T=alim（x{i}，y{i}，tstart）

应该可以很好地工作。事实上，它在某种程度上是有效的。但是，它只读取第一个图像，并使用该图像计算T矩阵。因此，尽管我在文件夹中读取了多个图像，但只有第一个图像被正确使用。我写了一个脚本，其中imread上面提到的文件，并在[T]=alim（x{I}，y{I}，Tstart）中使用x{I}和y{I}表示im1和im2；该脚本处理一个小数据集，现在生成一个单元格，其中包含对应于每个单独图像的变换。彼得，我愿意接受你的回答，但我看不到接受你回答的复选标记。我如何接受你的回答？

T{i} = alim(x{i}, y{i}, tstart);