如何在Matlab中绘制网络？

我在Matlab中有一个矩阵

a

，其尺寸

mx2

，每行包含两个节点的标签，显示网络中的直接链接，例如：

如果网络有

4个
节点，则矩阵
A
可以是
A=[12；13；21；24；32；41；42]
，其中第一行表示存在从
1
到
2
的链接，第二行表示存在从
1
到
3
的链接，等等

你能给我一个快速的方法从一个网络中提取网络吗

n = max(A(:)); %// number of nodes
theta = linspace(0,2*pi,n+1); %// the nodes will be on a circle
theta = theta(1:end-1);
x = cos(theta); %// x coordinates of nodes
y = sin(theta); %// y coordinates of nodes
plot(x, y, 'ro') %// plot nodes
hold on
plot(x(A).', y(A).', 'b-') %// plot edges
axis image
axis(1.2*[-1 1 -1 1])
set(gca,'xtick',[],'ytick',[])

使用内置功能的替代解决方案

adj=accumarray(A,1)
n=size(adj,1); % number of nodes
coord=[cos((1:n).'*(2*pi/n)),sin((1:n).'*(2*pi/n))] % points on a circle for nodes
gplot(adj,coord)

对于大型网络，邻接矩阵可以使用accumarray（A，1，[]，[]，[]，0，true）稀疏生成。
如果您希望链接具有方向性，并且有生物信息学工具箱，则可以创建
biograph
对象。这还允许使用标识字符串标记节点（如果需要），请参阅帮助文件。如果没有，它们将被称为“节点1”、“节点2”等。您需要将链接列表转换为邻接矩阵-@RTL如果
accumarray
版本，您还可以使用sub2ind：

N = 4;
adj = zeros(N);
adj(sub2ind([N,N], A(:,1),A(:,2))) = 1;

bg = biograph(adj);  % make biograph object
dolayout(bg);   % automatically calculate positions for nodes
view(bg); % what it says on the tin

您可能还对Matgraph感兴趣，Matlab工具箱用于图形操作：

MatLab>R2015b现在有了

A
就是您所说的边缘列表

plot(digraph(A(:,1),A(:,2))

将绘制网络。
您有权访问生物信息学工具箱吗？是的，我有权访问它在Matlab 2015b中引入了函数
图形
。是否可以添加链接的方向？您可以使用
注释
而不是
绘图
。问题在于，
注释
使用了标准化的轴单位，这很麻烦