在Mac OS X上安装要在Docker中运行的RMySQL时出错

我试图在Docker（实际上是Rocker）容器中运行R脚本来运行MySQL，但在“安装程序包（…）”步骤中出现错误。我发现唯一有点类似的解决方案是特定于运行RedHat Linux（我运行的是Mac OS X 10.15）解决方案包括指向我没有的几个目录。在RStudio下或从命令行运行，RMySQL加载没有问题

Dockerfile：

FROM rocker/r-ver:latest
  
RUN mkdir /home/analysis

COPY install_packages.R /home/analysis/install_packages.R
COPY script_basic.R /home/analysis/script_basic.R

RUN Rscript /home/analysis/install_packages.R

CMD Rscript /home/analysis/script_basic.R

R文件：

脚本_basic.R

library( RMySQL )

安装\u包。R

install_packages(“RMySQL”)

命令和响应：

$ docker build -t myapp .

…
Successfully tagged myapp:latest

$ docker run -it --rm myapp
Loading required package: DBI
Error: package or namespace load failed for ‘RMySQL’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/RMySQL/libs/RMySQL.so':
  libmysqlclient.so.21: cannot open shared object file: No such file or directory
Execution halted
$ 

---

我相信

rocker/r-dev

不包括运行此程序所需的库。未经测试，但请尝试类似的方法

Dockerfile

来自摇臂/r-ver:最新版本
运行mkdir/home/analysis
运行apt获取更新\
&&apt get install-y——没有安装建议libmariadbclient dev
复制install\u packages.R/home/analysis/install\u packages.R
复制script_basic.R/home/analysis/script_basic.R
运行Rscript/home/analysis/install_包。R
CMD Rscript/home/analysis/script_basic.R

您可以在上找到对某些库的需要，如

SystemRequirements:libmariadb客户端开发| libmariadb客户端lgpl开发| libmysqlclient开发（deb）、mariadb开发（rpm）、mariadb | mysql-connector-c（brew）、mysql56_开发（csw）

以及如何在

RMySQL

的github

README.md

一节中安装它们的说明

---

（CRAN页面引用了

libmysqlclient dev

，但github页面建议“mariadb实现更好”。我不知道这句话的前提，只是解释了为什么我建议一个，而CRAN列出了另一个。）

谢谢你，@r2evans。你说的很有道理，但是添加那一行给了我和以前一样的错误。“构建”期间的输出清楚地表明大量的“lib*”正在加载文件，但最终结果是一样的。尽管github页面建议使用

libmariaclient dev

，但也许可以用

libmysqlclient dev

来尝试一下，看看它是否有效。成功了！？运行时没有问题。我有点吃惊，但对于未来，请在Docker中添加以下行文件：运行apt-get-update\&apt-get-install-y——不安装libmysqlclient-dev