在python 3.5中使用rPython导入numpy

我的R版本是3.4.1，python版本是3.5.2，操作系统是Ubuntu 16.04.2

在安装RPYTHON时，我已经将RPYTHON\u PYTHON\u VERSION设置为3.5，这是我的RPYTHON的默认PYTHON版本

♥ python.exec('import sys')
♥ python.exec('print(sys.version)')
3.5.2 (default, Nov 17 2016, 17:05:23)
[GCC 5.4.0 20160609]

当我通过rPython导入numpy时（在python 3.5中使用import numpy没有问题，一切正常），我得到了以下结果：

♥ python.exec('import numpy')
Error in python.exec("import numpy") :
Importing the multiarray numpy extension module failed.  Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control).  Otherwise reinstall numpy.

Original error was: /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/numpy/core/multiarray.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PyType_GenericNew

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但是，如果我将RPYTHON\u PYTHON\u VERSION设置为2并重新安装RPYTHON，那么import numpy可以工作。如何使用python 3.5在rPython下成功导入numpy？

首先，您能从R/rPython将任何包导入python 3.5.3吗

我也有这个问题。我得到的错误与海报完全相同（numpy不会加载）。我后来发现我无法导入任何包。但是，我可以导入Python2.7.13和Python3.5.3中的包（只是不能通过R/rPython）。这让我相信这是一个“rPython”R包错误。以下是我为解决此问题所做的尝试：

1） 我已经尝试过安装/重新安装R包rPython以使用python 2.7.13或python 3.5.3。我可以通过重新安装rPython包将R连接到python 2.7.13：

install.packages("rPython",lib= "home/myusername/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=2")

在安装过程中使用“RPYTHON\u PYTHON\u VERSION=3”同样允许我将R与PYTHON 3.5.3连接起来。当rPython连接到Python2.7.13时，我可以从R调用“import numpy”，但当连接到3.5.3时，就不能了

2） 我已经找到了以前安装和卸载过的所有numpy和scipy。我为Python2.7.13和Python3.5.3各准备了几份副本。使用pip和pip3重新安装并没有解决问题（为了安全起见，我提前重新启动了R）

从这两个帐户来看，这似乎是R包“rPython”的一个问题。您可以尝试R中较新的“网状”软件包，看看这是否更适合您。然而，在使用网状结构将R与python连接时，我无法让并行线程工作，不幸的是，这正是我需要做的。然而，当使用“rPython”时，线程确实可以完美地工作，但是我需要的包需要python 3+。如果我能解决这个问题，我会继续排除故障并更新这个帖子。同时，给“网状”一个机会，它是一个非常整洁的包装

编辑 我能够使用“网状”包在R中从python 3.5.3加载numpy

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EDIT2对于那些将来找到这篇文章的人，我能找到的使用python3代码和R中的多线程的唯一解决方案是使用系统调用python文件（python3“path\u to\u python\u script”arg1 arg2 arg3）

谢谢Bartimus，我已经尝试了Networkite（由Rstudio guys开发，网纹蟒蛇是世界上最长的蛇lol）它可以用python 3.5导入numpy。回答你的问题，是的，我可以导入其他一些包，例如pymongo、datetime和bson，除了rPython下的numpy和python 3.5。我唯一关心的是在R中集成python3，所以你真的帮了我的忙，再次感谢。