Parsing 解析R脚本中的命令行参数

是否有任何方便的方法可以自动解析传递给R脚本的命令行参数

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类似于perl的

Getopt:：Long

？

在CRAN上有三个包：

• ：C类getopt行为
• ：受Python的optparse库启发的命令行解析器
• ：命令行可选和位置参数解析器（受Python的argparse库启发）。此软件包要求Python解释器与

  argparse

  和

  json

  （或

  simplejson

  ）模块一起安装

更新：

• ：用于定义命令行界面，只需以特定格式对其进行描述。这是一个港口
• ：完全用R编写的跨平台命令行参数解析器，没有外部依赖项。这个包对于Rscript前端非常有用，并有助于将R脚本转换为可执行脚本
• ：到最小列表JavaScript库的绑定。这个模块实现了Optimit的参数解析器的精髓，没有任何奇特的装饰（没有外部依赖）
• ：使用简单、干净的语法从命令行解析选项。它只需要很少或不需要规范，并且支持长短选项、GNU、Java或Microsoft风格的语法、动词命令等等

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最简单的方法是使用commandArgs（）。示例-将下面的代码另存为“options.R”：

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i、 e.3个元素的列表，每个参数一个。

只是为了补充Rscript答案：

edd@max:~$ r -e 'print(argv)' flim flam flom
[1] "flim" "flam" "flom"
edd@max:~$ 

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我们只是在中使用

argv

。我很幸运地使用了两个可用解析包中较旧的一个

我可以在软件包中介绍

ArgumentParser

吗？它是一个受Python的

argparse

启发的命令行解析器，但它是Python免费的

的格式如下所示

rscript script.R--parameter1=argument1--parameter2=argument2

只需使用基本的字符串包就可以解析它

例子

cli.r

输出

universe
MCU

character
Wade Wilson

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由于某种原因，

argparse

实际上需要Python。让我首先尝试

optpasse

主动建议-尽管在R中使用优秀的python argparse包很有诱惑力，但跨语言依赖只会让R脚本变得更加复杂和脆弱。不要这样做。使用上面描述的pure-R选项之一。另外，似乎使用R的argparse库真的会减慢脚本速度。这与

getopt

选项解析不同。请注意，我差不多7年前就回答了这个问题；现在肯定有更好的办法：）

edd@max:~$ r -e 'print(argv)' flim flam flom
[1] "flim" "flam" "flom"
edd@max:~$ 

library(pracma)
library(stringr)
run.arguments <- commandArgs(TRUE)
valid.run.parameters <- c( "universe", "character", "ability" )
for ( i in 1:length( run.arguments ) ) {
    if ( strcmpi( substr( run.arguments[i], 1, 2 ), "--" ) & grepl( "=", run.arguments[i], fixed = TRUE) ) {
        key.pair <- str_split( run.arguments[i], "=", simplify=TRUE )
        run.parameter <- gsub( "--", "", key.pair[1] )
        run.argument <- key.pair[2]
        if ( run.parameter %in% valid.run.parameters ) {

            # DO YOUR MAGIC HERE! Here is an example...
            cat( run.parameter, "\n" )
            cat( run.argument,  "\n\n" )

        }
    }
}

universe
MCU

character
Wade Wilson