Performance foreach%dopar%比for循环慢
为什么使用Performance foreach%dopar%比for循环慢,performance,r,loops,foreach,Performance,R,Loops,Foreach,为什么使用%dopar%的foreach()比的慢。一些小枫树: library(parallel) library(foreach) library(doParallel) registerDoParallel(cores = detectCores()) I <- 10^3L for.loop <- function(I) { out <- double(I) for (i in seq_len(I)) out[i] <- sqrt(i) ou
%dopar%
的foreach()
比的慢。一些小枫树:
library(parallel)
library(foreach)
library(doParallel)
registerDoParallel(cores = detectCores())
I <- 10^3L
for.loop <- function(I) {
out <- double(I)
for (i in seq_len(I))
out[i] <- sqrt(i)
out
}
foreach.do <- function(I) {
out <- foreach(i = seq_len(I), .combine=c) %do%
sqrt(i)
out
}
foreach.dopar <- function(I) {
out <- foreach(i = seq_len(I), .combine=c) %dopar%
sqrt(i)
out
}
identical(for.loop(I), foreach.do(I), foreach.dopar(I))
## [1] TRUE
library(rbenchmark)
benchmark(for.loop(I), foreach.do(I), foreach.dopar(I))
## test replications elapsed relative user.self sys.self user.child sys.child
## 1 for.loop(I) 100 0.696 1.000 0.690 0.000 0.0 0.000
## 2 foreach.do(I) 100 121.096 173.989 119.463 0.056 0.0 0.000
## 3 foreach.dopar(I) 100 120.297 172.841 111.214 6.400 3.5 6.734
我们特别提到并举例说明,由于必须在软件包doParallel中组合来自单独并行进程的结果,因此有时设置此功能的速度确实较慢
参考:
第3页:
对于小任务,调度任务和返回任务的开销
结果可能大于执行任务本身的时间,
导致性能不佳
我使用该示例发现,在某些情况下,使用包会使执行代码所需的时间减少50%。对于小任务,设置线程的开销将占主导地位,尤其是与单个线程上的矢量化函数相比。在上面的实现中,会有大量的函数调用和内存开销。并行处理在CPU密集型活动中工作得最好。
sessionInfo()
## R version 3.0.0 (2013-04-03)
## Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=ru_RU.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=ru_RU.UTF-8
## [4] LC_COLLATE=ru_RU.UTF-8 LC_MONETARY=ru_RU.UTF-8 LC_MESSAGES=ru_RU.UTF-8
## [7] LC_PAPER=C LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
## [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=ru_RU.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] doMC_1.3.0 rbenchmark_1.0.0 doParallel_1.0.1 iterators_1.0.6 foreach_1.4.0 plyr_1.8
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] codetools_0.2-8 compiler_3.0.0 tools_3.0.0
getDoParWorkers()
## [1] 4