Perl 在制表符分隔的文件上选择行

我试图只打印包含chrX或chrY且在文件第4列中为正数的行，\t分隔

输入

输出

1373    NM_016303       chrX    +       103356451       10335846

我的代码

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

print "type in the path of the file\n";
my $file_name = <>;
chomp($file_name); 

open (FILE, $file_name) or die "#!"; 

my @line;
my @array1;

while(<FILE>){
    @line = split(/\t/);
    $array1[2]=$line[2];
    $array1[3]=$line[3];
}
my $positive;
my $chr;

#select only positives
if ($line[3] =~ m/\+/i ) {
    $positive = $array1[3];
} 
#only chrX or chrY
elsif ($line[2] =~ m/chrX/i or $line[2] =~ m/chrY/i ) {
    $chr = $array1[2];
}
else {
    print "no chrY or chrX\n";
}
print "$chr $positive\n";

close(FILE);
exit;

---

而不是整条线。我应该换什么？谢谢。

您的所有测试都应该在while循环内部，而不是外部。您使用了太多看起来无用的变量。使用

$将使您的代码更短，可读性更强：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

print "Type in the path of the file:\n";
my $filename = <>;
chomp($filename); 

open my $fh, '<', $filename
    or die "$!"; 

while(<$fh>) {
    # split $_ (the current line) on whitespaces
    my @fields = split;
    # print $_ if the condition is true  
    print if ($fields[2] =~ /^chr[XY]$/ and $fields[3] eq "+");
}

close($fh);

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
打印“在文件路径中键入：\n”；
我的$filename=；
chomp（$filename）；
打开我的$fh，“所有测试都应该在while循环内部，而不是外部。您使用了太多看起来无用的变量。使用
$将使您的代码更短，可读性更强：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

print "Type in the path of the file:\n";
my $filename = <>;
chomp($filename); 

open my $fh, '<', $filename
    or die "$!"; 

while(<$fh>) {
    # split $_ (the current line) on whitespaces
    my @fields = split;
    # print $_ if the condition is true  
    print if ($fields[2] =~ /^chr[XY]$/ and $fields[3] eq "+");
}

close($fh);

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
打印“在文件路径中键入：\n”；
我的$filename=；
chomp（$filename）；
打开我的$fh，'
chrX  +

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

print "Type in the path of the file:\n";
my $filename = <>;
chomp($filename); 

open my $fh, '<', $filename
    or die "$!"; 

while(<$fh>) {
    # split $_ (the current line) on whitespaces
    my @fields = split;
    # print $_ if the condition is true  
    print if ($fields[2] =~ /^chr[XY]$/ and $fields[3] eq "+");
}

close($fh);