Perl 从核苷酸序列的每个核苷酸位置提取给定长度的所有子串

如何用Perl语言从fasta文件中读取DNA序列并将其存储在数组中，然后从每个核苷酸位置提取给定长度的所有子字符串？ 我的意思是我想读一个非常大的序列 然后从每个核苷酸位置开始将其拆分成许多序列 这意味着第一个序列从第一个核苷酸开始到第七十个核苷酸 然后第二个序列从第二个核苷酸开始到第七十一个，依此类推。利用Bioperl的捆绑分布，我举了一个例子（如果这是你想要的）

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请提供一些例子，你到底在寻找什么，并展示一些代码，到目前为止尝试了什么？什么是fasta文件？我不认为有太多的用户，所以谁的工作与核苷酸和DNA序列。然而，如果你提供更多的信息，而不需要了解DNA/核苷酸和“fasta”（无论是什么意思），很多perl黑客将能够回答你的问题。你搜索过吗？

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::SeqIO;

my $in  = Bio::SeqIO->new(-file   => "fasta.txt",
                          -format => 'Fasta');

while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
    print "Sequence ", $seq->id, "\n";
    for my $i (1 .. length($seq->seq) - 10) {
        print $seq->subseq($i,$i+10), "\n";
    }
}


__END__
*** Contents of fasta.txt

>chr1
AACCCCCCCCTCCCCCCGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGC
CAAACCCCAAAAACAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAAT
TTTATCTTTAGGCGGTATGCACTTTTAACAAAAAANNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
GCCCATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAAC
CAACCAAACCCCAAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCNNNN
>chrM
GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCAT
TTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTG
GAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATT
CTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACCTACTA
AAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAAT
GTCTGCACAGCCGCTTTCCACACAGACATCATAACAAAANAATTTCCACC