使用Perl从文件中读取数据

我在perl中使用了以下代码来打开和读取包含蛋白质数据的文件：

# !/usr/bin/perl -w

$proteinFileName = 'NM_021964fragment.pep';
open (PROTEINFILE, $proteinFileName);
$protein = <PROTEINFILE>;
close PROTEINFILE;

print "Here is the protein: \n";
print "$protein";
exit;

#/usr/bin/perl-w
$proteinFileName='NM_021964fragment.pep'；
开放式（PROTEINFILE，$proteinFileName）；
$protein=；
封闭式蛋白质填充；
打印“这是蛋白质：\n”；
打印“$protein”；
出口

我面临的问题是，提供的代码没有打印出数据。蛋白质序列数据文件'NM_021964fragment.pep'位于我的桌面上，即使我指定了位置，它也不会读取该文件

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有什么办法让代码运行吗

打开失败时，首先打印诊断消息。这是Perl的方法：

open PROTEINFILE, $proteinFileName or die $!;

一些问题：

• 启动Perl程序的当前工作目录是什么
• 对于上面的示例，您应该将cd刻录到pep文件所在的目录
• 是否从命令行启动脚本
• 这是否恰好是Windows机器上的Cygwin Perl

接下来，操作员从文件中读取一行。 如果文件有多行，并且希望将整个文件读入字符串，则需要一个循环将所有行连接到其中：

$protein .= $_ while (<PROTEINFILE>);

$protein.=$\uuwhile（）；

我认为问题可能是由于perl脚本与蛋白质文件不在同一目录中。您可以将其中两个加载到一起，然后重试。如果您想输入文件路径作为参数，您可以这样写：

@ARGV==1 || die"please input the file path";
open(IN, $ARGV[0]) || die "can't open the file $ARGV[0]:$!";
$protein = <PROTEINFILE>; ##get one line once, if you want to get all information, use while loop or like this: @protein = <PROTEINFILE>;
##something you like to do
close(IN);

@ARGV==1 | | die“请输入文件路径”；
打开（在$ARGV[0]中）| | die“无法打开文件$ARGV[0]：$！”；
$protein=##一次获取一行，如果您想获取所有信息，请使用while循环或类似方法：@protein=；
##你喜欢做什么
关闭（IN）；

您的代码读取文件的第一行。
使用

File:：Slurp

模块将整个文件读取到变量中，或者尝试下面的代码

# !/usr/bin/perl -w
use strict;
my $proteinFileName = 'NM_021964fragment.pep';
my $protein;
{ 
   local $/= undef;

   open (my $PROTEINFILE, '<', $proteinFileName) || die "Can't open";
   $protein = <$PROTEINFILE>;
   close $PROTEINFILE;
}

print "Here is the protein: \n";
print "$protein";
exit;

#/usr/bin/perl-w
严格使用；
my$proteinFileName='NM_021964fragment.pep'；
我的$protein；
{ 
本地$/=undef；
打开（我的$proteinfle，'指定位置'是什么意思？检查返回值。检查值。我的意思是，给出文件在我的计算机中的确切位置不会导致读取文件：例如，当我使用以下代码时：$proteinFileName='desktop/perl/NM_021964fragment.pep'；我希望现在清楚了为什么不使用绝对完整路径，例如在“c:/user/xx/desktop/perl/NM_021964fragment.pep"；这表明在使用整个路径时无法找到文件NM_021964fragment.pep。我不知道在这种情况下会出现什么问题。我认为这解决了使用您在开始时提供的代码后我的部分问题。现在，当我运行程序时，我收到一条错误消息，显示找不到该文件。我我使用Padre editor在Windows机器上运行perl。是否有特定的方法将我的程序定向到文件“NM_021964fragment.pep”以便它可以找到并读取它？我知道该文件是perl Bioinfo文件下的我的桌面。感谢您的帮助您的
，而
循环有点过火
我的$protein；{local$/；$protein=}
@BradGilbert我的overkill循环比你的解决方案还短10个字符。我在Perl高尔夫中获胜了。它也更具可读性。：-）我还可以进一步改善我的缺陷：
$protein.=$\uu；
@MustafaEhsan尝试使用pep文件的绝对路径。
$proteinfile='c:\Users\\Desktop\NM\u 021964fragment.pep'
假设Windows 7。我没有尝试最短的代码，而是最快的代码。我的代码以相对较少的操作加载整个文件，你的需要的运算比我使用的要多，并且在每一行输入上都使用它们。此外，如果我去打高尔夫球，我会使用
$protein.=$\ufor；
你需要在设置块之前放置
我的$protein
。@BradGilbert修复了-感谢你发现了不需要的
使用严格；
结果：-）