通过cgi perl完成对齐时不合适

我一直在尝试使用cgi bioperl实现全局对齐算法。代码运行良好，使用命令提示符，两个序列之间的对齐非常完美。但使用cgi，两个序列的对齐并不完美。它有点不合适。以下是我的对齐代码：

@firstarray = split //, $align1;
@secondarray = split //, $align2;

$sizeoffirst = $#firstarray + 1;
$sizeofsecond = $#secondarray + 1;

print "$sizeoffirst\n"."<br/>";
print "$sizeofsecond\n"."<br/>";

$k = 0;
while ($k <= $sizeoffirst)
  {
    $count = 1;
    $l = $k;
    while ($count <= 30)
      {
        print $firstarray[$l];
        $count++;
        $l++
      }
    print "\n"."<br/>";

    $count = 1;
    $m = $k;
    while ($count <= 30)
      {
        print $secondarray[$m];
        $count++;
        $m++;
      }

    print "\n"."<br/>";
    print "\n"."<br/>";
    $count = 1;
    $k = $k + 30;
  }

@firstarray=split/，$align1；
@secondarray=split/，$align2；
$sizeoffirst=$#firstarray+1；
$sizeofsecond=$#secondarray+1；
打印“$sizeoffirst\n”。
；
打印“$sizeofsecond\n”。
；
$k=0；
当（$k时，您应该使用
，以便在网页上维护您的格式。
-巴尔马

或
。这是显示表格数据的方式。此外，始终
使用严格；使用警告；
。
–Toto
您应该使用
，以便在网页上维护格式。或者使用
。这是显示表格数据的方式。此外，始终使用
严格；使用警告；
。谢谢……现在它工作得很好。