Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/ajax/6.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
在Perl中查找并替换字符串_Perl_Bioinformatics - Fatal编程技术网

在Perl中查找并替换字符串

在Perl中查找并替换字符串,perl,bioinformatics,Perl,Bioinformatics,我有以下命令行: perl -i -pe 's/_GSV*//g' file.fasta 我的目标是更改具有以下模式的一些序列: GSVIVG01006342001\U GSVIVT01006342001 我想找到所有以_GSV开头,以任何东西结尾的序列(这就是为什么我把‘*’放在这里),并替换为空 当我运行命令时,它只需识别_GSV并返回给我: GSVIVG01006342001IVT01006342001 我希望: GSVIVG01006342001 有人能告诉我命令行出了什么问题吗?在*

我有以下命令行:

perl -i -pe 's/_GSV*//g' file.fasta
我的目标是更改具有以下模式的一些序列:

GSVIVG01006342001\U GSVIVT01006342001

我想找到所有以_GSV开头,以任何东西结尾的序列(这就是为什么我把‘*’放在这里),并替换为空

当我运行命令时,它只需识别_GSV并返回给我:

GSVIVG01006342001IVT01006342001

我希望:

GSVIVG01006342001


有人能告诉我命令行出了什么问题吗?

在*之前,包括一个表示任何字符的点

perl -i -pe 's/_GSV.*//g' file.fasta
还可以包含符号$,以确保到达字符串末尾

perl -i -pe 's/_GSV.*$//g' file.fasta