Python 2.7 如何将特定于职位的得分矩阵biopython对象写入文件？

我使用biopython根据核苷酸比对计算位置特异性得分矩阵（PSSM）。 因此，我的script.py是：

from Bio import AlignIO
from Bio.Align import AlignInfo

alignment = AlignIO.read("alignment_1.fasta", "fasta")
summary_align = AlignInfo.SummaryInfo(alignment)
consensus = summary_align.dumb_consensus()
my_pssm = summary_align.pos_specific_score_matrix(consensus, chars_to_ignore = ['N', '-'])

我想知道是否可以将我的_pssm对象写入脚本中的文件？我在文档中没有找到任何解决方案。现在我只能做：

python script.py > text.txt

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但是它不适合我（我想将其用作批处理脚本）。

您可以在脚本末尾添加

打印我的pssm

，然后按照您的意愿执行

python script.py>text.txt

对于不同的序列，可以执行以下操作：

for fasta in files:
    alignment = AlignIO.read(fasta, "fasta")
    summary_align = AlignInfo.SummaryInfo(alignment)
    consensus = summary_align.dumb_consensus()
    my_pssm = summary_align.pos_specific_score_matrix(consensus, chars_to_ignore = ['N', '-'])
    file_pssm = fasta+"pssm"
    with open(file_pssm) as f:
         f.write(my_pssm)

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谢谢，我忘了在我的代码中添加这个字符串。但我的问题是关于另一件事。让我们想象一下，我有1000个不同的fasta文件，对于每个文件，我会计算PSSM并将其放在单独的文件中。因此，我的问题是如何在每次循环迭代时将我的\u pssm对象保存到一个单独的文件中（我将使用

for

操作符查看我的fasta文件列表）。您将在循环中计算pssm，不是吗？然后每次使用不同的时间将PSSM保存在文件中。我对答案进行了更新，使其包含很多有用的更新。当然可以。但不幸的是，方法

write

不适用于此对象。我收到错误消息“需要一个字符缓冲区对象”。