Python 3.x 解析文件时需要帮助将列表转换为字符串。python

gene_finder（）应该是 包含DNA序列的文件名，从文件中读取该序列，识别ORF 在该序列中，长度超过min_len（一个数字），GC含量超过minGC（一个分数）， 并且，对于高于最低要求的每个ORF，返回其长度、其%GC含量的列表， 还有DNA序列本身。如果有多个ORF，则这应该是一个列表列表

def get_orf(DNA):
    codon = ''
    if(DNA[0:3] == 'ATG'):
        codon = DNA[0:3]
        for x in range(3,len(DNA)+1,3):
            if DNA[x:x+3] == "TAG"  or DNA[x:x+3] == "TAA" or DNA[x:x+3] == "TGA":
                return codon
            else: codon = codon + DNA[x:x+3] 

    if codon[-3:] in ["TAG", "TAA", "TGA"]:
        return codon
    else: 
        return 'No ORF'  

def one_frame(DNA):
    x = 0
    ORFlist = []

    while x < len(DNA):
        codon = DNA[x:]
        if codon.startswith('ATG'):
            ORF = get_orf(DNA[x:])
            if ORF:
                ORFlist.append(ORF)
            x += len(ORF)
        else: 
            x += 3

    return(ORFlist)

def find_all_orfs(DNA):
    ORFlist = []
    x = one_frame(DNA)
    b = one_frame(DNA[1:])
    c = one_frame(DNA[2:])

    ORFlist = x+b+c

    return ORFlist

def gene_finder(file_name, min_len, minGC):
    x = open(file_name)
    contents = x.readlines()
    GCCount = 0
    ORFlen = []
    GCContent = []
    while contents.len > min_len:
        ORF = one_frame(contents)
        ORFlen.append(len(ORF))   
        for x in contents:
            if x == 'G' or x == 'C':
                GCCount += ((x/len(contents))*100)
                GCContent.append(GCCount)
    x.close

    return ORFlen, GCContent, contents

def get_orf（DNA）：
密码子=''
如果（DNA[0:3]=“ATG”）：
密码子=DNA[0:3]
对于范围（3，len（DNA）+1,3）内的x：
如果DNA[x:x+3]=“标记”或DNA[x:x+3]=“TAA”或DNA[x:x+3]=“TGA”：
返回密码子
else:密码子=密码子+DNA[x:x+3]
如果密码子[-3:]位于[“TAG”，“TAA”，“TGA”]：
返回密码子
其他：
返回“无ORF”
def一个_框架（DNA）：
x=0
ORFlist=[]
而xmin_len时：
ORF=一帧（内容）
附加（len（ORF））
对于目录中的x：
如果x='G'或x='C'：
GCCount+=（（x/len（内容））*100）
GCContent.append（GCCount）
x、 接近
返回ORFlen、GCContent、contents

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其他一切似乎都很好。gene_finder（）函数是我遇到的问题。我对用python和一般语言编写代码相当陌生。我不一定是阅读和解析fasta文件的专家。每当我在控制台中调用函数时，都会出现以下错误：“AttributeError:“list”对象没有属性“replace”。我知道这是因为当我打开fasta文件时，它会给我一个列表。如何将该列表转换为字符串。

您应该使用字符串方法

.join（iterable）

必须在作为分隔符的字符串上调用它，因为列表是可编辑的，所以您可以轻松地将列表转换为字符串：

>>> data = ["A", "B", "C"]
>>> ",".join(data)
'A,B,C'

对于您的特殊情况，分隔符应该是

”

（空字符串），它将

[“A”、“B”、“C”]

转换为

“ABC”

您没有真正显示或解释从何处获得此错误，因此我无法告诉您更多信息，您不能在提供的代码中的任何地方调用

.replace（）

编辑：如果您需要将非字符串的列表转换为字符串，例如，

[1，2，3]

要获得

“123”

，您必须首先将每个元素转换为字符串，最好的方法可能是

数据=[str（项）表示数据中的项]

，现在数据包含字符串，您可以

.join（）

根据需要将其转换为字符串。此列表中有一个循环称为