对于python，安装hdf5/netcdf4

在LinuxMint17.1上执行此操作

当我尝试时：

pip安装hdf5

我得到了错误

“找不到满足hdf5要求的版本（来自版本：）
找不到hdf5的匹配分发版“

从长远来看，我正在尝试安装netcdf4，但在安装hdf5之前无法安装。据推测，从上周我尝试使用netcdf4时起，我应该使用pip安装netcdf4，err hdf5…至少可能是在hdf5的情况下

如果我尝试

pip安装h5py

我会收到这样的消息：

已满足要求（使用--升级到升级）：h5py in./anaconda3/lib/python3.5/site-packages
已满足要求（使用--升级到升级）：numpy>=1.6.1 in./anaconda3/lib/python3.5/site-packages（来自h5py）
已满足要求（使用--升级到升级）：六英寸/anaconda3/lib/python3.5/site-packages（从h5py开始）

但是，如果我继续尝试安装netcdf4，它会显示：

收集netcdf4
使用缓存的netCDF4-1.2.3.1.tar.gz
从命令python setup.py egg_info完成输出：
在pkg配置搜索路径中未找到程序包hdf5。
也许您应该添加包含

hdf5.pc' 到PKG_CONFIG_PATH环境变量 找不到程序包“hdf5” 找到cython版本0.23.4。。。 正在从setup.cfg读取

HDF5_DIR environment variable not set, checking some standard locations ..
checking /home/meant2b ...
checking /usr/local ...
checking /sw ...
checking /opt ...
checking /opt/local ...
checking /usr ...
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4/setup.py", line 286, in <module>
    raise ValueError('did not find HDF5 headers')
ValueError: did not find HDF5 headers

----------------------------------------

HDF5\u DIR环境变量未设置，正在检查一些标准位置。。
正在检查/主页/平均值2B。。。
正在检查/usr/local。。。
正在检查/sw。。。
检查/选择。。。
正在检查/opt/local。。。
正在检查/usr。。。
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
文件“/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4/setup.py”，第286行，在
raise VALUERROR（'未找到HDF5标头'）
ValueError:未找到HDF5标头
----------------------------------------

命令“python setup.py egg_info”失败，错误代码为/tmp/pip-build-pq3yt4ek/netcdf4中的1/`

搜索文件时，我没有找到hdf5.pc文件

h5py和hdf5之间有区别吗？我必须从单个文件编译和安装hdf5，还是可以pip安装

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要安装hdf5和netcdf4，我必须做些什么？

您需要为Linux发行版安装hdf5库。在Ubuntu中：

sudo apt get install libhdf5 serial dev netcdf bin libnetcdf dev

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请参阅。

我在Debian 8中遇到了同样的问题。为了修复它，作为root用户，我安装了库，然后将序列头链接到hdf5库中的include dir，导出HDF_dir路径并安装netCDF4：

# apt-get install -y libhdf5-dev libnetcdf-dev
# ln -s /usr/include/hdf5/serial /usr/include/hdf5/include
# export HDF5_DIR=/usr/include/hdf5
# pip install netCDF4

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我在macOS Catalina下也犯了同样的错误。必须安装自制的

hdf5

和

netcdf4

软件包：

brew install hdf5 netcdf4

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之后，

pip3安装netcdf4

工作正常。

我最近在Kubuntu做了同样的事情，遇到了类似的问题。对我来说，它帮助安装hdf5助手和hdf5工具（不是通过pip，而是apt get）及其要求。这不是你问题的真正答案，可能只是一个快速的解决办法。如果我记得上周我有时间尝试这么做时，我在某处看到了同样的提及，并尝试了同样的“缺乏”结果，我仍然得到。你是否试着在Anaconda中安装这些软件包

conda安装hdf5

和

conda安装netcdf4

刚刚尝试了conda，但是当我进入空闲状态并从netcdf4导入数据集键入时，我没有得到名为netcdf4的模块。我是否必须使用Anaconda，还是仍然可以“抓取”hdf5和netcdf4？如果我去搜索硬盘，它仍然找不到hdf5.pc。如果我也尝试通过Idle导入名为hdf5的模块，则也不会得到该模块。netcdf的import命令区分大小写：

>>import netCDF4

。尝试导入命令，确保将CDF4大写。我刚刚这么做了，但仍然得到相同的名为hdf5和/或netcdf4的No模块。您是否完成了以下步骤：*安装Linux库*pip安装h5py*pip安装netcdf4 python？您是否安装了python dev？前两个可以正常工作，但当我开始*pip安装netcdf4 python*时，出现错误，无法找到满足要求的版本。未找到netcdf4 python的匹配发行版。如果我只是*pip安装netcdf4，它表示已经满足了要求。所以我决定尝试升级netcdf4，它说它成功安装了netcdf4-1.2.3.1，但当我在Idle中输入导入netcdf4时，我仍然得到相同的名为netcdf4的无模块。@您是否尝试将

pip

更新到最新版本？您是否安装了

numpy

？对于我来说，在Python3.5上安装这两个依赖项

numpy==1.10.2

netCDF4==1.2.2

效果很好。你试过了吗？我刚检查过，netCDF4仍然给我错误信息。我使用的是Linux Mint 17.1而不是Windows。是通过执行Cpython构建来安装hdf5的唯一方法，或者您可以pip/apt获得它并使其正常工作。我看到的所有内容都与查找硬盘上找不到的hdf5.pc文件有关。我在搜索时确实找到了几个hdf5.py文件，但是在我看到的一些帖子中，一个“y”和一个“c”似乎彼此相差很远，这是一个输入错误。这些帖子中的大多数看起来都是在做hdf5的Cpython构建。