Python Snakemake使用不同文件夹中的输入文件按名称汇总

我正在尝试开发一个管道，它将从不同的目录（在yaml配置文件中指定）获取输入文件，并通过我在yaml中指定的名称跟踪它们。例如，假设我的yaml看起来像

input:
    name1: /some/path/to/file1
    name2: /a/totally/different/path/to/file2
    name3: /yet/another/path/to/file3
output: /path/to/outdir

我想通过一系列步骤，最终得到一个包含内容的outdir

/path/to/outdir/processed_name1.extension
/path/to/outdir/processed_name2.extension
/path/to/outdir/processed_name3.extension

老实说，我什么都做不了。我暂停的当前状态是尝试将名称视为通配符，并使用该通配符访问配置字典。但这不起作用，因为通配符从未初始化，因为第一步是访问输入。由于公司政策的原因，我无法对我的代码示例进行非常具体的描述，但基本上是这样的：

rule all:
    input:
        processed_files = expand(config['output'] + "/processed_{name}.extension", name=config['input'])
        

rule step_1:
    input:
        input_file = lambda wc: config['input'][wc.name]
    output:
        intermediate_file = config['output'] + "/intermediate_{name}.extension"
    run:
        <some command>

rule step_2:
    input:
        intermediate_file = config['output'] + "/intermediate_{name}.extension"
    output:
        processed_file = config['output'] + "/processed_{name}.extension"
    run:
        <some command>

规则所有：
输入：
processed_files=expand（config['output']+“/processed_{name}.extension”，name=config['input']））
规则步骤1：
输入：
input_file=lambda wc:config['input'][wc.name]
输出：
中间文件=config['output']+“/intermediate{name}.extension”
运行：
规则步骤2：
输入：
中间文件=config['output']+“/intermediate{name}.extension”
输出：
processed_file=config['output']+“/processed_{name}.extension”
运行：

但这给了我通配符错误，我认为这是有道理的——它无法找出通配符，因为它们只存在于配置文件中。我觉得这与中的示例非常相似，但差异很大，我就是无法让它工作

编辑1：我用字符串连接替换了所有的f字符串，只是为了确保这不是一个问题

---

编辑2：我终于让它开始工作了。老实说，我不确定是什么改变了，我一定是打错了什么。。。但是我想我可以说这个整体结构是有效的。

我在您显示的代码中没有发现重大错误，尽管我删除了fstring并将

run:

更改为

shell:

，以便进行简单的测试。以下内容适用于适当的configfile

configfile: "config.yaml"

rule all:
    input:
        processed_files = expand(config['output'] + "/processed_{name}.extension", name=config['input'])


rule step_1:
    input:
        input_file = lambda wc: config['input'][wc.name]
    output:
        intermediate_file = config['output'] + "/intermediate_{name}.extension"
    shell:
        "cat {input} > {output}"

rule step_2:
    input:
        intermediate_file = config['output'] + "/intermediate_{name}.extension"
    output:
        processed_file = config['output'] + "/processed_{name}.extension"
    shell:
        "cat {input} > {output}"

---

在

rule all

中，

name

的值需要是

name=config['input'].keys（）

。目前，它指向的是整个字典，而不仅仅是它的键。另外，

input

和

output

文件都不应该是f字符串。@ManavalanGajapathy我实际上完全改变了f字符串，只是为了正常的字符串连接（例如，

intermediate\u file=config['output']+“/intermediate\uu{name}.extension”

现在），这似乎没有帮助。我不认为.keys（）是问题所在——expand按我所期望的方式执行，并提供正确的字符串