Python2.7大行读取文件

我有一个fasta文件，我只想打印序列

f = open ("NC_007970.fas",'r')
for line in f:
    print line

它只打印第一行

>NC\U 007970

我认为问题在于fasta文件本身，它由第一行“>”组成，第二行是序列，序列本身没有新行，长度约为19000个字符

> NC_007970
GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTACTTTTTGCTAAAATTACACATGCAAGTATCAGCATACCAGTGAAAACACCCTAGCAATCCTATTAGACAAAGGAGCCGGTATCAGGCACACCATGATAGCCCAAGACACCTAGCTTTGCCACACCCCCAAGGGCATTCAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAGCGCAAGCTCGACTTAATTATAGCAAACATAGAGCTGGCCAATCTCGTGCCAGCCGCCGCGGTTATACAAGAAGCCCAAACTAACAGACAACCGGCGTAAAATGTGGCTAAAAATTTATCTACAAAATTAAGGCGAACCTACAACTTAACTGTTATACGCAAGTACACATTAATACATTATGAAAATAACCTTAACACAATAGAACTATTTGAACCCACTATCGCTAAGGCACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTCAGCCCTAAACTTAGATATTTACTTACAATAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCCCAAACGCTTAAAACTCTAAAGACTTGGCGGTACCTCAACCTCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATCTACCTCACCATCCCTTGTCAATTCAGCCTATATACCACCGTCATTAGCTTACCCTGTGAAGGGTACCAAGTAAGCAAAATAACCTAAACAACTAGCAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTTATTAGAAATCACTTAACAGAAAGGACCATGAAATAAGTCCCATAAGTAGGATTTAGCAGTAAACTGGGAACAGAGAGCCCAATTTAAGTCGGTCCTGAGGTGCGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAATCCTTAAGCATAGATAAACCACAACAAACAAATAGATGAGGCAAGTCGTAACAAGGTAAGTGTACCGGAAGGTGTACTTGGAACATCAAAATATAGCTTATCAAAAGCACTCAGCTTACACCTGAAAGTTGTCCATTAAAATCGGATTATTTTGAGCAACTACCTAGCCCAACTAATAAATATAAAACCCAACAAACAAATTATCCTACCAATAAATCAACTAAAACATTTTACCATCATAGTATAGGAGATAGAAAAGATAATTGGAGCTATAAAGACAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAACATGAAACACTCACCAAGCCAGAAAAAGCAAAGATTAACTCTTGTACCTTTTGCATCATGATTTAGCCAGTACATCCAAGCAAAGAGAACTAAAGTCTGAACTCCCGAAACCAAATGAGCTACTTAAAGGTAGCCTATACCACCATGGGCTAAATCCGTCTCTGTGGCAAAAGAGTGGAGAAACCTTTAAGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAACCTGGTGATAGCTGGTTGCTCAACAAAAGAATATCAGTTCAACCTTAAACCTCCTAACCTAACAACTTTGAAGTAATAGAAGAGAAGTTTAAGATATATTCAACAGGGGTACAGCCCTGTTGAAAAAGGGTACAACCTAAAATGCAGGACAAAACATCAAAGCAAGACCACAGTAGGCCTTAAAGCAGCCATCTCCAAAGAAAGCGTCAAAGCTCACTACAATTAATATCAACACAATTTTTTTCCCCTAAACAACATTGAGCTATTCTATCACCATAGAAGAACTAATGCTAAAATGAGTAACAAGAAGACGAAACTTCTCTTCCGCGCCAACTTAAATCATAATAGATAAACTACTGATTATTACAACCAATATTATAAGATCAACAGTACTTAATACACCATATAAACCCAACTGTTAACCCAACACAGGAGCGCACACAAGAAAGATTAAAATTTGTAAAAGGAACTAGGCAAACATTGAGCTCGACTGTTTACCAAAAACATAGCCCCTAGCAACAATAAGTATTAGGGGTAATGCCTGCCCAGTGACACTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATAAGGACTAGAATGAACGGCTAAACGAGGTTCTACCTGTCTCTTACAAATAATCAGTGAAATTGGTCTTCCAGTGCAAAACCTGGAATAAAAATATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAACTTTAAATACAAATCAATCTATTATTCATACCCACCCACGATGGTTTATCACCAATTAGCACATTGATCCATATTTTCGGTTGGGATGACCTCAGAGTAAAATTAAACCTCTGAACAAAGAACACACCTCCAAACCTAGACCCACCATTCAAAGTGCTTACAGCAAAATGATCCAATACACTTGATCAACGAACCAAGCTACCCCAGGGATAACAGCGCAATCCTATCCTAGAGTCCCTATCGACGATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGTAACCGCTATCAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAATAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATAAATGGGCTTTTTCTAGTACGAAAGGACCGAAAAGACAAGGCCTATTTTTAAAAACAAGCCTTACCTTATATTAGTGAAAGCAACTTAACTAATAATAAGGACAAACCATTTAACCCTAAAAAGGGGTTATTGAGGTGGCAGAGCCTGGTACAAAAGGCCTAAGCCCTTTACTCAGGGGTTCAAATCCCCTCCCCAATAATGAAAGCCCTATTATCAAACCTAATATCCCCACTTATATATATAATCCCAGTCTTAATTGCTGTAGCTTTCTTTACCTTAATTGAACGGAAAACTTTGGGATACATACAACTCCGAAAAGGCCCAAACATCGTAGGACCATGTGGACTTTTACAACCTGTAGCTGATGGTGTAAAACTATTTATTAAGGAACCAGTGTACCCATCAAACTCATCAACTATACTATTTACACTATCACCAATCCTAGCTCTACTACTATCTTTATCAGTCTGACTTCCACTGCCTCTACCATTTCCACTAGCCGACTTAAACCTAGGCCTCCTATTCCTAATTTCAATATCCAGCTTCATAGTTTACTCCATCTTATGATCTGGCTGAGCTTCAAACTCCAAGTACGCCTTAGTAGGGGCACTCCGGGCAGTAGCCCAAACTATCTCATACGAAGTAACCCTAGGAATCATCCTACTCTCCCTAATCCTATTCTCAGGCGGATTCAACATACAAACATTTATAACAACGCAGGAACCTGCGTACCTGATATTCTCATCCTGACCTTTAATAATAATATGGTATATCTCCACATTAGCAGAAACAAATCGAGCACCATTCGACCTTTCCGAAGGAGAATCTGAACTCGTATCAGGGTTTAACGTTGAATACGCCGCCGGCCCATTCGCCCTATTCTTCCTAGCAGAGTACGCTAATATTCTGATAATAAACACCCTCACCACTATCCTATTCCTGAATCCATCCCATATTAACAACACCCCCGAACTATTTTCATTATCATTAGTATCAAAAATAATACTACTCTCAGTAGGATTCCTATGAATCCGCGCCTCATACCCGCGATTCCGATATGACCAGTTAATACACTTATTATGAAAAAACTTCCTCCCTATTACCTTAGCAATGTGCCTCTGACATATATCTATGCCAACTGCCTTCTCGGGGCTACCACCGATGTTATAGGATACGTGCCTGAAATTAAAGGATCACCTTGATAAGGTGAATCATAGAGGCTAAACCCTCTCGTCTCCCTAAAAGAAAGCACCTTTACCTATAAATAACAAAATCCTATACCTGTATATTACTGTACTGAATTCATAAATTACACTACACACAATATTATCTAACCACAAATTAACACTCCATAAACCACTACATTAAAAATACAATATAGTACTATAACAGCATAACCCTTTATAAAATACCCTACAACCCATTTATAACATATATTATGAAATAAACTACCCCTTATTAAAATTACTAACAACTTCTCATAACAAACTACACAAAATCAAGCCAATATATCTTAATTTCTCGACTACAAACAATTTACCAACGTATTATCCCGTTACTTCCATAAATACACAATCCTTTTACCTAACAAACAAATTAAAACCAATTACCCTAACAGCAAAAAACACCAATATTCATCAAAAACCCCAACATATCTGAAAAATAAACTCCCTATTGTACTATTATAGGACCTAAAATACCCAAAACCCCTTTAGGTCAATATAGTTTAAAACAAACATTAGACTGTGATTCTAAAAATAGGAGTGTAAATCCCCTTATAGACCAAGAGAGATCCAACAGTAAGAACTGCTAATTCTTATACCTGAGACTAACACCTCAGCTCCCTTACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCACTGGTTTTAGGAACCATAAACCCTTGGTGCAACTCCAAGTAAAAGAACATGCCAACACCCCCACTGTTAGCCTTAACACATTTTATGACCCTAGCTATCCTGCTAGTTCCACTAGTAATCTCTATACTCACTACAAAAGTGTGAATTATTGAAAAGACAAAAACATCCGTGAAAACAGCGTTTTTTACCTCCATACTATCATTTCTCCTCTTTAAAGCTGAGTCCACCCCTTTCATAGTAATAGACTATAACCTATTAAGCACATCAACCTTCTATGTAAAGCTTAACTTTAAATTTGACCTATACTCCATACTATTTACACCAGTTGCCTTATACGTCTCATGATGTATTTTAGAGTTTTCACAATGATACATAGACAAAGACCCCTATCCCTCAAAATTCGCCAAATACCTACTAACCTTCATTATAGCTATAATAATCCTAGTATCAGCTAATAACCTACTCCTATTTTTTATTGGTTGGGAGGGGGTAGGAATCCTATCCTTCCTCCTAATCGCATGATGGCGAAACCGACCAAACACGAATACATCAGCC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如何从这样的文件中获取序列？？？

AWRAM，我建议您查看

BioPython

软件包好吗

我将使用以下特定代码来执行您尝试执行的操作：

from Bio import SeqIO

file = open('NC_007970.fas', r)
for record in SeqIO.parse(file, "clustal") :
    print record.seq
file.close()

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BioPython将把每个FASTA文件解析为SeqRecord对象的迭代器，从中可以查询每个SeqRecord的序列，并使用它来处理其他事情。

首先，在您提供的代码示例中，

seq

什么都不做，因此可以省略它。第二，程序是在打印第二行之前返回（即结束），还是挂起（即仍处于活动状态，但没有响应）？如果是后者，那么python将尝试打印它，但这是一条庞大的行。你最好把它打印成块。你给我的行对我来说很好…我使用了你用Python2.7发布的代码来阅读你在这里提供的示例数据。它打印文件的两行。你在什么平台上运行这个：Linux、Windows、Mac或其他什么？文件的最后一行是否可能缺少一个尾随换行符，这会混淆您的输出？@AWRAM是的，Python 2.7.6。如果你将打印行替换为

打印行，'test'

，文本

test

会打印在下一行吗？我也是一名处理病毒序列的生物学家，BioPython软件包在这方面非常有用。我在使用它，它会在这里产生同样的问题，即序列的长度。。。上面的代码不打印任何内容，仅打印记录就给出（ID:NC_007970名称：NC_007970说明：NC_007970功能数量：0 Seq（'GTTATTGTAGCTTACAACTAAAGCATGGCACTGAGTAATCA…TAT'，SingleLetterAlphabet（））我明白了，奥拉姆。你想看整个序列有什么原因吗？我向你保证，即使序列没有完全打印到屏幕上（为了节省空间），它肯定会被完全保存在内存中。