如何根据biopython中的位置列表过滤对齐列？

基于biopython帮助页面，我可以根据第一个或最后一个10过滤对齐列，甚至可以使用

align[:, :10] + align[:, -10:]

align

是MSA对象，使用

from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")

但是，是否可以，比如说，根据位置列表提取列。例如 如果我有以下清单：

a=[12, 52, 68,45]

是否有方法仅从对齐方式中提取这些列

align

一个名为

bio3d

的

R

包通过提供列表作为输入（通过执行：

filtered\u align=align[，a]

）来方便地过滤对齐，但如果我能从python中使用它，那就太好了

谢谢

根据，您可以使用

align[:, x]

因此，以下内容应该为您完成这项工作：

from Bio import AlignIO

align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")
indices = [12, 52, 68, 45]
columns_as_strings = []

for column in indices:
    columns_as_strings.append(align[:, column])