使用Biopython更改fasta文件中的DNA序列

我有一个fasta格式的文件，里面有几个DNA序列。我想将每个序列的内容更改为另一个较小的序列，保持相同的序列id。 新序列在列表中

with open("outfile.fa", "w") as f:
    for seq_record in SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta"):
        for i in range(len(newSequences_ok)):
            f.write(str(seq_record.id[i]) + "\n")
            f.write(str(newSequences_ok[i]) + "\n")  

但我得到：

IndexError: string index out of range

我如何更改代码使其工作？我认为问题在于，我需要遍历原始的fasta文件和包含新序列的列表

原始fasta文件如下所示：

>Sequence1
ATGATGCATGG
>Sequence2
TTTTGGGAATC
>Sequence3
GGGCTAACTAC
>Sequence4
ATCTCAGGAA

新序列的列表与此类似：

newSequences_ok=[ATGG,TTTC,GGTA,CTCG]

我希望得到的输出是：

>Sequence1
ATGG
>Sequence2
TTTC
>Sequence3
GGTA
>Sequence4
CTCG

我认为这可能有效：

---

如果没有（即使有）——你真的需要仔细阅读工作原理。您将

SeqIO.parse

视为直接返回文件行的东西。相反，它返回具有

seq

属性的

seq

对象，该属性返回本身具有两个属性的

seq

对象，一个

seq

属性（这似乎是您想要的）和一个

alphabet

属性。在尝试修改之前，您应该集中精力提取您感兴趣的信息。

您还有待解决的问题：还有，什么是

newSequences\u ok

？请提供有关您的数据结构的更多信息。如果您在不使用BioPyton的情况下创建一个最小的工作示例（包括所有

导入

等），这将是最简单的。顺便说一句：你使用哪一版本的BioPython？newSequences_ok是一个列表，其中包含每个记录的新序列字符串。这是我想要的fasta文件，而不是之前的序列。我使用Biopython 1.68它给出了以下错误：TypeError:“generator”对象不是subscriptable@newa123立即重试另一个错误：TypeError:write（）参数必须是str，而不是SeqRecord@newa123然后再次添加

str

（如编辑中所示）。我不确定这一点。再说一次：索引器：列表索引超出范围。也许我以前的代码有错

records = SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta")
with open("outfile.fa", "w") as f:
    for r, s in zip(records,newSequences_ok):
        f.write(r.seq.seq.split('\n')[0] + '\n')
        f.write(s + '\n')