Python snakemake扩展没有输入文件

我有一些不同的配置，我需要将它们结合起来运行python脚本

versions=['lg'，sm']
开始时间=['0'，'1']
结束时间=['2']

我想让snakemake帮我做这件事：

python my_script.py -v lg -s 0 -e 2 > lg_0_2.out
python my_script.py -v lg -s 1 -e 2 > lg_1_2.out
python my_script.py -v sm -s 0 -e 2 > sm_0_2.out
python my_script.py -v sm -s 1 -e 2 > sm_1_2.out

但我似乎不知道如何在snakemake中做到这一点。有什么想法吗？

Snakemake有一种通过外部产品进行扩展的缩写，这就是您描述的操作。通常，这可以通过在第一条规则（默认规则）中生成输出文件字符串作为

输入

，然后提供一条规则（

myrule

），解析这些字符串以生成用于生成输出的命令来实现。在代码中，它将类似于

蛇形文件

versions=['lg'，sm']
开始时间=['0'，'1']
结束时间=['2']
规则所有：
输入：
展开（“{version}{start}{end}.out”，
版本=版本，开始=开始时间，结束=结束时间）
规则我的规则：
输出：“{version，[^.]+}{start，[0-9]+}{end，[0-9]+}.out”
外壳：
"""
python my_script.py-v{wildcards.version}-s{wildcards.start}-e{wildcards.end}>{output}
"""

在该

snakemake

文件所在的目录中运行

snakemake

，将生成所需的文件。

snakemake具有通过外部产品进行扩展的缩写，这就是您描述的操作。通常，这可以通过在第一条规则（默认规则）中生成输出文件字符串作为

输入

，然后提供一条规则（

myrule

），解析这些字符串以生成用于生成输出的命令来实现。在代码中，它将类似于

蛇形文件

versions=['lg'，sm']
开始时间=['0'，'1']
结束时间=['2']
规则所有：
输入：
展开（“{version}{start}{end}.out”，
版本=版本，开始=开始时间，结束=结束时间）
规则我的规则：
输出：“{version，[^.]+}{start，[0-9]+}{end，[0-9]+}.out”
外壳：
"""
python my_script.py-v{wildcards.version}-s{wildcards.start}-e{wildcards.end}>{output}
"""

---

在这个

Snakefile

所在的目录中运行

snakemake

，将生成所需的文件。

@merv我明白了。很高兴知道。我明白了。@merv。很高兴知道。然后重新打开。这可以工作，但在我的版本中，我需要将

规则中的部分全部

作为

输入

，并且我的shell命令作为一个简单的字符串。然而，我有一个问题，为什么它需要在两个不同的规则中？为什么我不能把

all

规则中的内容作为

my_规则的
输出
？两者都有似乎是多余的，但当我尝试这样做时，snakemake无法识别
通配符
对象的部分。@jsad对此表示抱歉，我是从内存中执行的，忘记了
输入：
。Snakemake有时被描述为一种基于拉力的机制。它要么从命令行（您请求
snakemake{lg，sm}{0,1}{u 2.out
）获取所需输出的列表，要么从第一条规则的
输入获取所需输出的列表（在这种情况下，只需运行
snakemake
）。然后使用规则的输出匹配（并解析）接收到的文件字符串。在标准管道中，您通常会有许多规则，只需列出与其他内容无关的最终输出。感谢@merv的解释和有用的答案！这是可行的，但在我的版本中，我需要将
rule all
中的部分作为
输入
，并将shell命令作为简单字符串。然而，我有一个问题，为什么它需要在两个不同的规则中？为什么我不能把
all
规则中的内容作为
my_规则的
输出
？两者都有似乎是多余的，但当我尝试这样做时，snakemake无法识别
通配符
对象的部分。@jsad对此表示抱歉，我是从内存中执行的，忘记了
输入：
。Snakemake有时被描述为一种基于拉力的机制。它要么从命令行（您请求
snakemake{lg，sm}{0,1}{u 2.out
）获取所需输出的列表，要么从第一条规则的
输入获取所需输出的列表（在这种情况下，只需运行
snakemake
）。然后使用规则的输出匹配（并解析）接收到的文件字符串。在标准管道中，您通常会有许多规则，只需列出与其他内容无关的最终输出。感谢@merv的解释和有用的答案！