如何使用Python从输入文本（PDB文件）的多行中收集单词？
我正在编写一个Python脚本，它将单词收集到文本文件（PDB文件）中，然后将它们收集到短语中。然而，由于我只是一个编程新手，我在做这件事时遇到了巨大的困难。我知道怎么做，每次一行。我希望你们能给我一些帮助。求你了 文本包含蛋白质位点的信息。每个站点都有四条信息专线，如下所示：如何使用Python从输入文本（PDB文件）的多行中收集单词？,python,Python,我正在编写一个Python脚本，它将单词收集到文本文件（PDB文件）中，然后将它们收集到短语中。然而，由于我只是一个编程新手，我在做这件事时遇到了巨大的困难。我知道怎么做，每次一行。我希望你们能给我一些帮助。求你了 文本包含蛋白质位点的信息。每个站点都有四条信息专线，如下所示： REMARK 800 REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: CC1 REMARK 800 EVIDE
REMARK 800
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: CC1
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE EDO A 326
REMARK 800
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: DF8
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: AUTHOR
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE HEM T 238
REMARK 800
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: FC7
REMARK 800 EVIDENCE_CODE: SOFTWARE
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE NAG D 1001
#and so on ...
- 1st行没有任何内容。（它只是将一个信息与下一个信息分开）
- 第二个具有站点标识符。（如CC1）
- 第三个，证据代码。（例如软件）
- 4th，一些残基信息。（例如江户A326）
CC1 SOFTWARE EDO A 326
DF8 AUTHOR HEM T 238
FC7 SOFTWARE NAG D 1001
#and so on...
import re
f = open("3HDL.pdb", "r")
for line in f:
m = re.search(r"REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: (.+)", line)
if m:
site_id = m.group(1).strip()
else:
m = re.search(r"REMARK 800 EVIDENCE_CODE: (.+)", line)
if m:
evidence_code = m.group(1).strip()
else:
m = re.search(r"REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: (.+)", line)
if m:
site_descrip = m.group(1).strip()
print site_id, evidence_code, site_descrip
f.close()
name_file = "3HDL.pdb"
pdb_file = open(name_file,"r")
for line in pdb_file:
list = line.split()
list_2=[]
for j in range(0, 15):
list_2.append("")
if (list[0] == "REMARK" and list[1] == "800"):
j=0
while not j == len(list):
list_2[j] = list[j]
j+=1
n=1
if(list_2[0] == "REMARK" and list_2[1] == "800" and list_2[2] == "SITE_IDENTIFIER:"):
n+=1
print("Site", str(n) + ":", list_2[3])
print("ok" + "\n")
很抱歉出现语法问题，非常感谢。这里我们假设需要的内容是第2、3行的最后一个单词和第4行的最后3个单词
name_file = "3HDL.pdb"
pdb_file = open(name_file,"r")
output = []
for linenum, line in enumerate(pdb_file):
if linenum % 4 ==0:
continue
elif linenum % 4 == 1:
output.append(line.split()[-1])
elif linenum % 4 == 2:
output.append(line.split()[-1])
elif linenum % 4 == 3:
output.extend(line.split()[-3:])
for i in range(len(output)/6):
print ' '.join(output[i:i+6])
像这样的怎么样：
CC1 SOFTWARE EDO A 326
DF8 AUTHOR HEM T 238
FC7 SOFTWARE NAG D 1001
#and so on...
import re
f = open("3HDL.pdb", "r")
for line in f:
m = re.search(r"REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: (.+)", line)
if m:
site_id = m.group(1).strip()
else:
m = re.search(r"REMARK 800 EVIDENCE_CODE: (.+)", line)
if m:
evidence_code = m.group(1).strip()
else:
m = re.search(r"REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: (.+)", line)
if m:
site_descrip = m.group(1).strip()
print site_id, evidence_code, site_descrip
f.close()
f = open("3HDL.pdb", "r")
for line in f:
if line.startswith("REMARK 800"):
if line.startswith("SITE_IDENTIFIER:", 11):
site_id = line[28:].rstrip()
elif line.startswith("EVIDENCE_CODE:", 11):
evidence_code = line[26:].rstrip()
elif line.startswith("SITE_DESCRIPTION:", 11):
site_descrip = line[29:].rstrip()
print site_id, evidence_code, site_descrip
f.close()
请注意，标记不是关键字。在标签列表中填入与你的问题相同的单词无助于分类。务必阅读选择标签时出现的说明！在我们开始否决你的问题之前。请向我们展示你自己解决这个问题的能力。好的。对不起，这是我第一次来这里。当然，詹姆斯。我将把我到现在为止所做的事情放在这里。看看附件的结构，这不会起作用，因为文件中有其他标记。正如我所检查的，备注800部分有确切的结构。
repdb\u file=open（name\u file，“r”）reprint'\n'。加入（''.join（i）for i in re.findall（“备注800站点标识符：（\w+）\s+备注800证据代码：（\w+）\s+备注800站点描述：残留物的绑定站点（\w+（\w+）），f.read（））拆分