BioPython，如何从.fasta转换为.aln进行clustal对齐？

我有一个.fasta文件，我希望将其转换为.aln，以便它可以与alignIO.read命令对齐，或者以某种方式给我的fasta文件“Clustal Headers”，因为当我使用fasta文件时，它只输出它不是已知的Clustal头，“ClustalwCommandline”返回应该这样做，因为在教程中，它说要将其返回值指定给cline，只需打印cline，不确定如何处理cline

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编辑：-我还应该输出一个.dnd文件，但不确定如何进行

您不需要手动转换任何内容，例如，如果您遵循以下代码：

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline

导入

ClustalwCommandline

后，您可以指定对齐文件的名称，

cline

是在下面的行中构造的命令：

>>> cline = ClustalwCommandline("clustalw", infile="opuntia1.fasta", outfile="opuntia1.aln")
>>> print cline
clustalw -infile=opuntia1.fasta -outfile=opuntia1.aln

现在，当您编写以下行时，cline（）将运行上面构造的命令，并将输出和错误消息分别返回给

stdout

和

stderr

变量。如果打印

stdout

和

stderr

，您会发现stdout正在打印与对齐相关的内容，并且由于上述命令没有错误，

stderr

如果打印该命令，则不会显示任何内容。同时，在名为

opuntia1.aln的输出文件中，文件现在包含对齐方式。去打开那个aln文件；您应该看到对齐

>>> stdout, stderr = cline()
>>>
>>> print stdout

 CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
Sequence 1: CDS         1574 bp
Sequence 2: EST          723 bp
Start of Pairwise alignments
Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score:  9
Guide tree file created:   [opuntia1.dnd]

There are 1 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1:                     Delayed
Alignment Score 490

CLUSTAL-Alignment file created  [opuntia1.aln]


>>> print stderr

对于.dnd文件，您不需要指定outfile，运行代码后的默认文件将从fasta文件创建一个dnd文件。以下是直接引述：

默认情况下，ClustalW将根据输入的FASTA文件（在本例中为opuntia.aln和opuntia.dnd）生成名为的路线和导向树文件，但您可以覆盖该文件或使其显式化

资料来源：

希望有帮助，干杯
 在我进入stdout，stderr=cline（）行后，它会打印一个错误“Bio.Application.ApplicationError:Command'clustalw-infle=biostarlaw.fasta-outfile=biostarlaw.aln'返回非零退出状态127，/bin/sh:1:clustalw:notfound'，我忘记安装了吗？您没有安装clustalw，因此无法运行该命令。它认为clustalw是当前目录中的一个shell脚本，这是完全错误的！安装clustalw并重试。它应该很好用！