使用“--global option”为python包指定安装时依赖项

我正在尝试打包一个具有安装时（以及运行时）依赖项的python库：它

import

s模块，以便模块可以通知安装过程一些提供的C头的位置：

from distutils.extension import Extension
from pybedtools.helpers import get_includes as pybedtools_get_includes
from pysam import get_include as pysam_get_include
# [...]
extensions = [
    Extension(
        "bam25prime.libcollapsesam", ["bam25prime/libcollapsesam.pyx"],
        include_dirs=pysam_get_include()),
    Extension(
        "bam25prime.libcollapsebed", ["bam25prime/libcollapsebed.pyx"],
        include_dirs=pybedtools_get_includes(),
        language="c++"),
    ]
# [...]

但是，其中一个依赖项（

pybedtools

）需要安装一个特定的

--global选项

pip选项（请参见本文末尾未提供该选项时的情况）

如果我理解正确，在使用

setup.py

之前，当前自动提供一些依赖项的最新方法是在

pyproject.toml

文件的

[build system]

部分中指示它们

我尝试了以下

pyproject.toml

：

[build-system]
requires = [
    "pysam",
    "pybedtools @ git+https://github.com/blaiseli/pybedtools.git@fix_missing_headers --global-option='cythonize'",
]
build-backend = "setuptools.build_meta"

（顺便说一句，我花了很长时间才弄明白如何指定

构建后端，文档不容易发现。）

但是，这会在pip安装时产生以下错误：

  ERROR: Invalid requirement: "pybedtools @ git+https://github.com/blaiseli/pybedtools.git@fix_missing_headers --global-option='cythonize'"
  Hint: It looks like a path. File 'pybedtools @ git+https://github.com/blaiseli/pybedtools.git@fix_missing_headers --global-option='cythonize'' does not exist.

如何正确指定依赖项的选项

如果我只指定包及其URL（
“pybedtools@git+https://github.com/blaiseli/pybedtools.git@修复\u缺少\u头
），安装失败，如下所示：

    Exception:
                            Cython-generated file 'pybedtools/cbedtools.cpp' not found.

                            Please install Cython and run

                                python setup.py cythonize

在尝试处理上述错误时，我发现了
--global选项
pip选项。
我可以手动运行pip安装--global option=“cythonize”git+https://github.com/blaiseli/pybedtools.git@修复缺少的\u头

，安装工作正常，前提是该软件包的依赖项已安装，否则其安装会因无法识别的

“cythonize”

选项（即…）而失败

---

请注意，仅当安装“从源代码”时才需要此选项（例如，当从github上的fork安装时，我在这里就是这样）。

与另一个相同，我怀疑

cythonize

是一个setuptools命令，而不是全局选项

如果确实是这样，那么最好在

setup.cfg

中设置别名。如果运行

python setup.py alias install cythonize install

，则应将以下内容添加到

setup.cfg

：

[aliases]
install = cythonize install

---

稍后运行

pip install

时，pip将使用此别名，并且

cythonize

命令将在

install

命令之前执行。

为了更好地理解这个问题，setuptools

cythonize

选项从何而来？

cythonize

选项将由

setup.py

我的包的依赖项脚本：对我来说，它显然像一个命令，而不是一个选项，因此别名可能更有效。