Python 在conda虚拟环境中为'R'安装包时使用'rpy2'？

我一直在努力保持我的环境无冗余且干净，因此我创建了一个

R

环境，并清除了我计算机上所有其他现有的

R

s

该环境称为

r-conda

，它位于：

/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/r

我意识到我没有安装

rpy2

，要通过conda安装它，它需要安装一个新版本的

R

和所有我不想要的

R-essentials

，因为我已经有了一个完美的工作R环境

我意识到我可以为

R conda

环境中关联的

Python

安装

rpy2

：

source activate r-conda
pip install rpy2
source deactivate

但并不是所有的道路都排好了

如何使

rpy2

识别

R-conda

环境中的所有

R

关联文件和路径？

当我尝试导入包时，找不到正确的文件：

os.environ['R_HOME'] = "/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/R"
from rpy2.robjects.packages import importr
importr("dynamicTreeCut")

---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-29-8b0a88dfe12d> in <module>()
      1 # os.environ['R_HOME'] = '/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/'
      2 os.environ['R_HOME'] = "/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/R"
----> 3 from rpy2.robjects.packages import importr
      4 importr("dynamicTreeCut")

/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py in <module>()
     14 import itertools
     15 from datetime import datetime
---> 16 import rpy2.rinterface as rinterface
     17 import rpy2.rlike.container as rlc
     18 

/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>()
     90 del(os)
     91 
---> 92 from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
     93                                          emptyenv,
     94                                          endr,

ImportError: dlopen(/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/R/lib/libR.dylib
  Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so
  Reason: image not found

所以我尝试了这个，然后得到了同样的错误：

export LD_LIBRARY_PATH="/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/lib/R/lib/:/Users/jespinoz/anaconda/pkgs/icu-54.1-0/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"

如果我使用

conda install rpy2

它希望安装

Python=3.5.2

，即使我的主conda环境的默认版本是

Python=3.6

@Asmurer建议在my

r-conda

环境中安装

rpy2

时指定

Python=3.6

，但现在它看起来像是一个包冲突错误：

(r-conda) jespinozlt-osx:~ jespinoz$ conda install rpy2 python=3.6
Fetching package metadata .............
Solving package specifications: .


UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - python 3.6*
  - r-permute
  - rpy2
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package

（r-conda）jespinozlt osx:~jespinoz$conda安装rpy2 python=3.6
正在获取包元数据。。。。。。。。。。。。。
正在解决程序包规范：。
不满意错误：发现以下规范存在冲突：
-python 3.6*
-r置换
-rpy2
使用“conda info”查看每个包的依赖项

您应该

conda安装rpy2

而不是pip安装它。此外，保持环境处于激活状态。您应该将

python

和任何希望使用的python包安装到同一个R环境中，以便在单个环境中完成所有工作

当我使用我的

r-conda

环境

conda安装rpy2

时，它希望安装另一个版本的

python

，即使该环境的默认

python

是我的主版本

python=3.6

。我唯一的选择是安装2个版本的R、2个版本的Python，还是将它们合并到同一个环境中？我觉得我可以通过路径和环境变量来告诉

rpy2

我的

R

文件在哪里。我不知道它为什么会这样做，但你可以通过在install命令中包含它来强制它保持你想要的python版本，比如

conda安装rpy2 python=3.6

。我不知道你能做到。很好，谢谢！不过，看起来我遇到了一些冲突性错误（更新问题b/c格式）`我想这意味着r-permute需要更新。你必须给Continuum的人安装bug来更新它（我不再在那里工作了）。

(r-conda) jespinozlt-osx:~ jespinoz$ conda install rpy2 python=3.6
Fetching package metadata .............
Solving package specifications: .


UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - python 3.6*
  - r-permute
  - rpy2
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package