如何使用Python连接来自多个netCDF文件的数据

我有一些netCDF文件，24个用于每个方向（

x

，

y

，

z

），24个用于不同时间的值。在最后一点，我必须绘制所有时间步的数据

对于绘图，我需要在特定点进行插值，因此我必须知道最近的邻居。我的计划是将数据分成3D单元，这样我就不必在整个数据集中搜索最近的邻居

因此，在我的第一步中，我读取数据文件并创建一个数组，其中包含每个点的坐标和每次的值

然后，我为每个点计算它所属的单元，并将其附加到4维数组中：

x

、

y

、

z

和

v

：

for vec in vecs:
    x_ind = int((vec[0]-xmin) / stepWidthX) 
    y_ind = int((vec[1]-ymin) / stepWidthY) 
    z_ind = int((vec[2]-zmin) / stepWidthZ) 

    if x_ind==gridPointsInXdirection:
        x_ind = x_ind-1
    if y_ind==gridPointsInYdirection:
        y_ind = y_ind-1
    if z_ind==gridPointsInZdirection:
        z_ind = z_ind-1
    #print z_ind, y_ind,x_ind

    XGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind] = np.append(XGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind], vec[0])
    YGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind] = np.append(YGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind], vec[1])
    ZGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind] = np.append(ZGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind], vec[2])
    VGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind] = np.append(VGridPoints[z_ind, y_ind, x_ind], vec[3])

其中

vecs

是包含所有数据点的数组。到目前为止，它还在工作，但我现在的问题是

VGridPoints

：我有一个很长的值列表，而不是数组列表。是否有一种解决方案可以将数组附加到数组元素，以便我以后可以访问它，例如：

x = XGridPoints[2,3,4][2]
y = YGridPoints[2,3,4][2]
z = ZGridPoints[2,3,4][2]
v[:] = VGridPoints[2,3,4][2]

---

当我只使用一个时间步时，它就工作了，但是如果我重新计算每个时间步的单元格和最近邻，并且它们不会随着时间的推移而改变位置，我会有很大的超速。如果您事先知道要使用的阵列的形状，Numpy通常会更方便。附加到数组之类的操作会导致性能下降。我同意Sebastian的观点，最简单的方法（如果可能的话）是创建一个足够大的数组来容纳所有东西（最坏的情况）。如果这是不可能的，那么您可以尝试使用对象数组。例如，创建具有3个空间维度的对象阵列：

import numpy as N
XGridPoints = N.empty((nx, ny, nz), dtype='object')

---

（对于

YGridPoints

，

ZGridPoints

，

VGridPoints

也是如此）然后你可以将

XGridPoints[z_ind，y_ind，x_ind]

设置到一个numpy数组中，并根据需要附加到该数组中。

这不是你的问题，但你为什么不使用scipy.spatial.cKDTree，你似乎在重新发明轮子？另外，scipy.ndimage还有一些插值，可能已经实现了您想要的功能。不过，最简单的解决方案是，创建一个大数组，该数组已经足够大，可以容纳所有内容。