Python 在生成器中将ASCII字符转换为十进制

目标：解析由四行字符串组成的fastQ文件：

1） 同一行上的ID行（seqID）和可能的注释（comm）
2） DNA或蛋白质序列（seq）
3） 额外的一行
4） 一种质量（qual）序列，其中每个字符对应于蛋白质或DNA序列（第2行）

问题：如何使用

ord（）

？转换所有qual字符串中的字符

我所尝试的： fastQ中的qual行是一行字符串，我想循环遍历所有字符串，并使用

ord（）

将它们转换为十进制格式。然而，当我运行一个生成

seqID

seq

qual

和

comm

的生成器时，似乎我不能在其中定义这些新解析的变量，因为我在尝试解析我的fastQ文件时遇到以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "fast_splitter_v1.py", line 91, in <module>
    for q in split:
  File "fast_splitter_v1.py", line 28, in read_fastq
    seqID, seq, qual = line1[0][1:], block[1], ord(block[3])
TypeError: ord() expected a character, but string of length 1550 found

问题摘要:

有了上面的代码，我如何使用

ord（）

将所有东西从ASCII转换为十进制格式，并保留生成器功能

示例FastQ：

`@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
 +
 !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65`

---

我可能仍然不理解这个问题，但有什么东西可以阻止你做最后一行，如下所示：

yield seqID, seq, map(ord, qual), comm

或

---

从文件中发布一些记录来说明inputs@MariaZverina我将在我的帖子中发布一个样本fastQ。这两个建议都有效，但它在我的元组中构建了一个质量分数列表。如果我想以后“修剪”我的序列和质量分数，使其达到最低质量分数，那么我还需要将序列转换为字符串列表，以便将它们相互映射吗？例如：

（@SEQID，['G'，'A'，'T'，[33,39,39…]）

yield seqID, seq, map(ord, qual), comm

yield seqID, seq, [ord(c) for c in qual], comm