在python中将ascii编码转换为int并再次转换（快速）

我有一个文件格式（fastq格式），它将一个整数字符串编码为一个字符串，其中每个整数由一个带偏移量的ascii码表示。不幸的是，有两种常用编码，一种偏移量为33，另一种偏移量为64。我通常有几个长度为80-150的一亿字符串要从一个偏移量转换到另一个偏移量。我能想到的最简单的代码是：

def phred64ToStdqual(qualin):
    return(''.join([chr(ord(x)-31) for x in qualin]))

这种方法效果很好，但不是特别快。对于100万个字符串，在我的机器上大约需要4秒钟。如果我改为用几张口述来做翻译，我可以把时间缩短到2秒左右

ctoi = {}
itoc = {}
for i in xrange(127):
    itoc[i]=chr(i)
    ctoi[chr(i)]=i

def phred64ToStdqual2(qualin):
    return(''.join([itoc[ctoi[x]-31] for x in qualin]))

如果我盲目地在cython下跑步，我会把时间缩短到不到1秒。
看起来在C级，这只是转换为int，减法，然后转换为char。我还没有写出来，但我猜它要快一点。任何提示，包括如何更好地用python编写代码，甚至用cython版本编写代码，都会非常有用

谢谢

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Sean

如果您查看urllib.quote的代码，其中有些内容与您所做的类似。它看起来像：

_map = {}
def phred64ToStdqual2(qualin):
    if not _map:
        for i in range(31, 127):
            _map[chr(i)] = chr(i - 31)
    return ''.join(map(_map.__getitem__, qualin))

请注意，上述函数在映射长度不相同的情况下工作（在urllib.quote中，必须采用“%”->“%25”）

但实际上，由于每个翻译都是相同的长度，python有一个函数可以非常快速地完成这项工作：而且，您可能不会比以下更快：

import string
_trans = None
def phred64ToStdqual4(qualin):
    global _trans
    if not _trans:
        _trans = string.maketrans(''.join(chr(i) for i in range(31, 127)), ''.join(chr(i) for i in range(127 - 31)))
    return qualin.translate(_trans)

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尝试将

[]

替换为

（）

以使用生成器，而不是创建和丢弃列表。我怀疑这会有很大的不同，但应该会有一些不同。如果将[]替换为（），则（）与任何pythonFine最近的想法都是多余的，但是我相信字符串连接需要一个列表，所以我认为这不会直接起作用。嗯，对于Python2.6.1:

“。连接（x代表x在[“1”、“2”、“3”]）

->

'1.2.3'

我很笨。我在cython下运行了生成器——在那里不受支持。Python 2.6.2使用生成器版本要慢20%。谢谢你，Mike。在与上面相同的机器上，这是非常快的0.1秒，对于我来说已经足够快了。我将坚持使用上面列出的phred64ToStdqual4（）。。。。