Python类变量的增量高于迭代次数

我在这一点上有点困惑，我确信这是由于我缺乏Python OOP的经验和类的工作方式，或者新的字符串格式是如何工作的。张贴在这里，以便其他人可以参考，如果他们有类似的问题

问题是：我使用下面的类作为循环中的生成器来读取文件并逐行解析它。每个感兴趣的行将

self.reads\u total

变量增加1，如果该行满足某些条件，则将

self.reads\u mapping

变量增加1。最后（就在调用

next（）

方法的

StopIteration（）

之前），我将这两个值输出到stdout

Reads processed:5220000029016，在52263262个总读取量中映射出两个配偶

此输出是在迭代结束前由以下代码行生成的：

print（“{0}和两个配偶从{1}个总读取数中映射出来\n”。格式（self.reads\u映射，self.reads\u-total））

self.reads_total

正在输出正确的迭代次数，但是

self.reads_映射

没有

在SamParser（infle）循环中为x调用的类对象：

class SamParser:
"""This object takes as input a SAM file path and constructs an iterable that outputs
 sequence information.  Only one line will be held in memory at a time using this method.
"""
def __init__(self, filepath):
    """
    constructor
    @param filepath: filepath to the input raw SAM file.
    """
    if os.path.exists(filepath):  # if file is a file, read from the file
        self.sam_file = str(filepath)
        self.stdin = False
    elif not sys.stdin.isatty():  # else read from standard in
        self.stdin = True
    else:
        raise ValueError("Parameter filepath must be a SAM file")
    self.current_line = None
    self.reads_mapping = 0
    self.reads_total = 0
    # Allowable bitflags for SAM file -> reads with both mates mapping, regardless of other flags
    self.true_flags = (99, 147, 83, 163, 67, 131, 115, 179, 81, 161, 97, 145, 65, 129, 113, 177)

def __iter__(self):
    return self

def _iterate(self):
    # Skip all leading whitespace
    while True:
        if self.stdin:
            sam_line = sys.stdin.readline()  # read from stdin
        else:
            sam_line = self.sam_file.readline()  # read from file
        if not sam_line:
            return  # End of file
        if sam_line.startswith("@SQ"):  # these lines contain refseq length information
            temp = sam_line.split()
            return temp[1][3:], temp[2][3:]
        elif sam_line[0] != "@":  # these lines are the actual reads
            self.reads_total += 1
            if self.reads_total % 100000 == 0:  # update the counter on stdout every 100000 reads
                sys.stdout.write("\rReads processed: {}".format(self.reads_total))
                sys.stdout.flush()
            temp = sam_line.split()
            if int(temp[1]) in self.true_flags and temp[2] is not "*" and int(temp[3]) is not 0:
                self.reads_mapping += 1
                return temp[1], temp[2], temp[3], temp[9]
    self.sam_file.close()  # catch all in case this line is reached
    assert False, "Should not reach this line"

def next(self):
    if not self.stdin and type(self.sam_file) is str:  # only open file here if sam_file is a str and not file
        self.sam_file = open(self.sam_file, "r")
    value = self._iterate()
    if not value:  # close file on EOF
        if not self.stdin:
            self.sam_file.close()
        print("{0} with both mates mapped out of {1} total reads\n".format(self.reads_mapping, self.reads_total))
        raise StopIteration()
    else:
        return value

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如果您需要更多上下文，可以在此处找到完整的脚本：

简单的字符串格式错误：该脚本旨在更新stdout上的行数，并且我没有在下一行的开头包含换行符，因此它覆盖了最后一行输出，其中包括前一行的大量读取计数ue输出应为：

Reads processed: 52200000
29016 with both mates mapped out of 52263262 total reads 
Plots generated: 310

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在任何情况下，如果将来有人偶然发现这个问题，该脚本对于SAM解析都是有用的。不要犯同样的错误。

我建议您尝试使用较小的文件生成一个可复制的示例。

194在206个总读取数中映射出两个副本。

该脚本在206行的小测试文件上正确执行，这意味着它有问题我忽略了一些逻辑/文件格式的警告。谢谢。我找到后会报告的。