在python字典中找到键时更新值
我的代码遍历了上面的序列,并使用iter_kmer()将序列分解为大小为3(“CGT”)的小读取。我想创建一个字典,它将包含所有这些小读数以及它们在序列中的数量。我得到的结果是下车,我不知道为什么 预期结果: kmers(tiny_reads,3) {'AAT':2,'ATG':3,'TGG':2} 我的结果是: {'CAA':2,'GTG':2,'GCA':2,'GCG':2,'ATG':2,'TGC':2,'CGT':2,'AAT':2,'GGC':2,'TGG':2}在python字典中找到键时更新值,python,dictionary,sequence,biopython,Python,Dictionary,Sequence,Biopython,我的代码遍历了上面的序列,并使用iter_kmer()将序列分解为大小为3(“CGT”)的小读取。我想创建一个字典,它将包含所有这些小读数以及它们在序列中的数量。我得到的结果是下车,我不知道为什么 预期结果: kmers(tiny_reads,3) {'AAT':2,'ATG':3,'TGG':2} 我的结果是: {'CAA':2,'GTG':2,'GCA':2,'GCG':2,'ATG':2,'TGC':2,'CGT':2,'AAT':2,'GGC':2,'TGG':2} 我的结果不正确,因为
我的结果不正确,因为“ATG”重复了3次。你们能帮我解决这个让我沮丧的问题吗 不确定iter_kmers是如何工作的,但也许你正在寻找类似以下的东西
tiny_reads = [
Sequence('CGTGCAA'),
Sequence('TGCAATG'),
Sequence('ATGGCGT'),
Sequence('GGCGTGC'),
Sequence('CAATGGC'),]
dictionary = {}
def kmers(reads, k):
for line in tiny_reads:
for kmer in line.iter_kmers(k, overlap=3):
dictionary[str(kmer)] = 1
print(dictionary)
if str(kmer) not in dictionary:
dictionary[str(kmer)] = 1
else:
dictionary[str(kmer)] += 1
#print(dict)
kmers(tiny_reads, 3)
print(dictionary)
请记住,这可能不是最快的实现,但是它只是用最小的更改修复了错误。
从字典中读取值时,使用.get()方法可以设置默认值,以防找不到任何条目您正在使用迭代的每一行重置字典中的计数器: 根据您已有的代码,我将使用defaultdict
tiny_reads = [
Sequence('CGTGCAA'),
Sequence('TGCAATG'),
Sequence('ATGGCGT'),
Sequence('GGCGTGC'),
Sequence('CAATGGC')
]
kmer_d = dict()
def kmers(reads, k):
for tiny_r in tiny_reads:
for kmer in tiny_r.iter_kmers(k, overlap=3):
d = kmer_d.get(str(kmer), 0)
kmer_d[str(kmer)] = d + 1
if __name__ == "__main__":
kmers(tiny_reads, 3)
print(kmer_d)
如果我正在编写代码,我可能会将所有行连接在一起,然后使用计数器
from collections import defaultdict
def kmers(reads, k):
dictionary = defaultdict(int)
for line in tiny_reads:
for kmer in line.iter_kmers(k, overlap=3):
dictionary[str(kmer)] += 1
def kmers(reads, k):
accumlator = []
for line in tiny_reads:
accumlator += line.iter_kmers(k, overlap=3):
dictionary = Counter(accumlator)