Python 从具有行和列标题的csv文件中读取networkx图形
我有一个CSV文件,它表示图形的邻接矩阵。但是,文件的第一行是节点的标签,第一列也是节点的标签。如何将此文件读入Python 从具有行和列标题的csv文件中读取networkx图形,python,csv,networkx,Python,Csv,Networkx,我有一个CSV文件,它表示图形的邻接矩阵。但是,文件的第一行是节点的标签,第一列也是节点的标签。如何将此文件读入networkxgraph对象?有没有一种整洁的蟒蛇式的方法可以不必到处乱闯 到目前为止,我的审判: x = np.loadtxt('file.mtx', delimiter='\t', dtype=np.str) row_headers = x[0,:] col_headers = x[:,0] A = x[1:, 1:] A = np.array(A, dtype='int')
networkx
graph对象?有没有一种整洁的蟒蛇式的方法可以不必到处乱闯
到目前为止,我的审判:
x = np.loadtxt('file.mtx', delimiter='\t', dtype=np.str)
row_headers = x[0,:]
col_headers = x[:,0]
A = x[1:, 1:]
A = np.array(A, dtype='int')
但这当然不能解决问题,因为我需要创建图时节点的标签
数据示例:
Attribute,A,B,C
A,0,1,1
B,1,0,0
C,1,0,0
制表符是分隔符,而不是逗号tho。这会起作用,但不确定这是最好的方式:
In [23]:
import pandas as pd
import io
import networkx as nx
temp = """Attribute,A,B,C
A,0,1,1
B,1,0,0
C,1,0,0"""
# for your case just load the csv like you would do, use sep='\t'
df = pd.read_csv(io.StringIO(temp))
df
Out[23]:
Attribute A B C
0 A 0 1 1
1 B 1 0 0
2 C 1 0 0
In [39]:
G = nx.DiGraph()
for col in df:
for x in list(df.loc[df[col] == 1,'Attribute']):
G.add_edge(col,x)
G.edges()
Out[39]:
[('C', 'A'), ('B', 'A'), ('A', 'C'), ('A', 'B')]
In [40]:
nx.draw(G)
您可以将数据读入结构化数组。标签可以从
x.dtype.names
中获得,然后可以使用nx生成networkx图形。从\u numpy\u矩阵
:
import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
# read the first line to determine the number of columns
with open('file.mtx', 'rb') as f:
ncols = len(next(f).split('\t'))
x = np.genfromtxt('file.mtx', delimiter='\t', dtype=None, names=True,
usecols=range(1,ncols) # skip the first column
)
labels = x.dtype.names
# y is a view of x, so it will not require much additional memory
y = x.view(dtype=('int', len(x.dtype)))
G = nx.from_numpy_matrix(y)
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(ncols-1), labels)))
print(G.edges(data=True))
# [('A', 'C', {'weight': 1}), ('A', 'B', {'weight': 1})]
nx.from\u numpy\u矩阵
有一个create\u using
参数,可用于指定要创建的networkx图形的类型。比如说,
G = nx.from_numpy_matrix(y, create_using=nx.DiGraph())
使
G
aDiGraph
这样这些标签在第一行和第一列重复,所以是多余的?你可以只使用pandas,它将使用标签作为列名,然后构建图形。你可以发布一些数据吗?