Biopython翻译错误：TypeError:'；发电机&x27；对象没有属性'__获取项目'；

我的代码有问题，这让我很沮丧

#!usr/bin/python
import os,sys
import Bio
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Alphabet import IUPAC
fastaname = sys.argv[1]
in_put = open(fastaname,"rU")
out_put = open(fastaname[:-6] + "pro.fa","w")
m_record = SeqIO.parse(in_put, "fasta")
x = str(m_record)
start = x.find("ATG")
n = m_record[start:]
pro_records = (rec.translate(id = rec.id, to_stop = True) for rec in n)
SeqIO.write(pro_records, out_put, "fasta")
in_put.close()
out_put.close()

使用

$ python script test.fasta
Traceback (most recent call last):
File "translation.py", line 14, in <module>
n = m_record[start:]
TypeError: 'generator' object has no attribute '__getitem__'

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与错误消息状态一样，

m_record

是一个生成器

如果你想把它当作一个列表来使用，你应该先从中创建一个列表

m_record = list(SeqIO.parse(in_put, "fasta"))

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我用了你提到的。不过还是一样的错误，谢谢。但是当我运行这个脚本时，结果文件是空的。有什么建议吗？@HailongYang您在搜索startindex时出错

m_记录

是

SeqRecord

的列表。使用

str

查找子序列的开头，在索引中生成big，因此

n

为空；以及

pro_记录

。您需要找到另一种方法来找到您想要的子序列。

m_record = list(SeqIO.parse(in_put, "fasta"))