Python 模块未在脚本中执行

我正在尝试编写一个程序，使用名为

prepare\u ligand4.py

的模块，以

.pdb

格式循环遍历一组文件，并将它们转换为

.pdbqt

格式。我相当肯定，在调用

prepare\u ligan4.py

之前，它是正确的，但一旦它达到这一点，就会出现一个写字板文件，其中包含

prepare\u ligan4.py

的代码。它应该改为修改指定目录中的文件。有人对我应该做什么有什么建议吗？有没有一种特殊的方式可以叫prepare_ligand4.py

#convert pdb files to pdbqt
import os
import sys

#change directory to directory containing pdb files
os.chdir('C:\\Users\\Collin\\Documents\\fragments.pdb')

#path to pdb files
path = 'C:\\Users\\Collin\\Documents\\fragments.pdb'
dirs = os.listdir(path)

#finding number of pdb files in the directory
x = len(dirs)

#loop through all files in directory and convert to pdbqt
for i in range(x):
y = dirs[i]

os.system('C:\\Python27\\MGLTools-1.5.6\\Lib\\site-packages\\AutoDockTools\\Utilities24\\prepare_ligand4.py -l y -v')
ligand_pdbqt = y[:-4]+".pdbqt"

#os.rename(os.path.join ('C:\\Users\\Collin\\Documents\\fragments_under_150.pdb',y), os.path.join('C:\\Users\\Documents\\pdbqt', ligand_pdbqt)

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你的脚本是可执行的吗？否则，您可能需要执行

python script.py

而不仅仅是

script.py

。范围（x）中i的

后面的行不缩进。这可能会导致一个问题。这是故意的（实际代码中是什么），还是复制粘贴错误？假设
y=dirs[i]
应该缩进，那么下面两行是否也应该缩进？