BiopythonPDB：计算原子和点之间的距离

使用一个典型的pdb文件，我能够使用类似于Biopython文档中介绍的方法计算结构中两个原子之间的距离。如图所示：

from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()

pdb1 ='./4twu.pdb' 
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1) 
model = structure[0] 
chain = model['A'] 
residue1 = chain[1] 
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA'] 
atom2 = residue2['CA'] 

distance = atom1-atom2 

print(distance)

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在Biopython中有没有一种方法可以用xyz坐标计算原子到固定点的距离？如果不是Biopython，解决这个问题的最佳方法是什么？谢谢。

您的atom1对象将坐标存储在

coord

属性中（它是一个NumPy数组），例如

如果要计算到空间中另一点的距离，则需要以类似格式定义该距离

import numpy
x = 1
y = 1
y = 1
v = numpy.array((x, y, z), dtype=float)

然后你可以用NumPy来计算

distance = numpy.linalg.norm(atom1.coord - v)

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atom1对象将坐标存储在

coord

属性中（它是一个NumPy数组），例如

如果要计算到空间中另一点的距离，则需要以类似格式定义该距离

import numpy
x = 1
y = 1
y = 1
v = numpy.array((x, y, z), dtype=float)

然后你可以用NumPy来计算

distance = numpy.linalg.norm(atom1.coord - v)

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工作完美。谢谢你，阿沙菲克斯。这基本上就是Atom对象通过问题中的减法为您所做的，

\uuuuuu sub\uuuuu

在Atom类中定义为取坐标向量差的范数。工作非常完美。谢谢你，阿沙菲克斯。这基本上就是Atom对象通过问题中的减法为您所做的，

\uuuuu sub\uuuu

在Atom类中定义为取坐标向量差的范数。