rpy2（版本2.3.10）-将数据从R包导入python

因此，我试图将一些数据从R包导入python，以便测试我编写的其他python-rpy2函数。特别是，我在R中使用了

SpatialEpi

包和

pennLC

数据集

因此，我能够导入rpy2包并正确连接到该包。但是，我不知道如何访问包中的数据

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr("SpatialEpi")

但是，我似乎无法访问

SpatialEpi

包中的数据对象

pennLC

，以测试函数。等效的R命令为：

data(pennLC)

任何建议

在R中，执行

数据（“foo”）

可以在工作区中创建任意数量的对象。在

rpy2

中，事物包含在环境中。这使它更干净

from rpy2.robjects.packages import importr, data
spep = importr("SpatialEpi")
pennLC_data = data(spep).fetch('pennLC')

pennLC_data

是一个

环境

（将其视为一个名称空间）

要列出提取的内容，请执行以下操作：

pennLC_data.keys()

要获取所需的数据对象，请执行以下操作：

pennLC_data['pennLC'] # guessing here, it might be a different name

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因此，我根据上面Laurent的信息找到了一个答案

我使用的是rpy2版本2.3.10，这与上面的Laurent代码有一些不同。这就是我所做的

import rpy2.objects as robj
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr('SpatialEpi', data = True)
data = spep.__rdata__.fetch('pennLC')

首先请注意，rpy2 2.3.10中没有

.data

方法——名称可能已更改。但是，2.3.10文档指出，在

importr

中使用

data=True

参数将把

PackageData

对象放在

包下。因此，我可以对

rdata`对象执行获取

然后，当我想要访问数据时，我可以使用以下代码

data['pennLC'][1]

In [43]: type(d['pennLC'][1])
Out[43]: rpy2.robjects.vectors.DataFrame

要查看数据，请执行以下操作：

print(data['pennLC'][1])

嗨，劳伦特。这很有帮助。我使用的是rpy2 2.3.10，因此您提到的一些指令无法正常工作--现在包对象上没有
数据
方法。但我把我的答案放在下面。如果你对我在下面写的东西有任何建议，请告诉我。@krishnab啊，是的<代码>数据（）
在rpy2-2.4.0-dev中。rpy2-2.3.10可以使用
data=True
/
。\uuuuuu rdata\uuuuu
。2.4中的函数
data（）
的目的是让事情变得不那么麻烦。