Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/8/mysql/65.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python 通过PyCogent在本地MySQL EnsEMBL数据库中列出物种名称?_Python_Mysql_Database_Bioinformatics_Biopython - Fatal编程技术网

Python 通过PyCogent在本地MySQL EnsEMBL数据库中列出物种名称?

Python 通过PyCogent在本地MySQL EnsEMBL数据库中列出物种名称?,python,mysql,database,bioinformatics,biopython,Python,Mysql,Database,Bioinformatics,Biopython,我们有一个本地EnsEMBL MySQL数据库,其中包含带注释的蚊子基因组 PyCogent cookbook声明您可以通过cogent.db.EnsEMBL.HostAccount模块从本地MySQL EnsEMBL数据库访问/查询数据。是PyCogent的EnsemblAPI的源代码 但我无法访问数据,因为函数假定我事先知道我试图查询其基因组的物种(字符串)的确切名称。。。经过数小时的在线搜索,如果有人能告诉我如何列出物种名称(PyCogent会理解),以便我最终查询本地数据库中的基因组数据

我们有一个本地EnsEMBL MySQL数据库,其中包含带注释的蚊子基因组

PyCogent cookbook声明您可以通过
cogent.db.EnsEMBL.HostAccount
模块从本地MySQL EnsEMBL数据库访问/查询数据。是PyCogent的EnsemblAPI的源代码

但我无法访问数据,因为函数假定我事先知道我试图查询其基因组的物种(字符串)的确切名称。。。经过数小时的在线搜索,如果有人能告诉我如何列出物种名称(PyCogent会理解),以便我最终查询本地数据库中的基因组数据,我将不胜感激

此代码显示了我的问题,请注意注释:

Release = 73

from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome

acc = HostAccount('localhost', 'username1', 'password1')  # login details to MySQL server

genome = Genome(Species='?????',Release=73,account=acc)   # Where can I find the available Species list so I can replace the '?????'

在@dpryan79(来自Biostars)提供了一个有用的提示之后,我查看了PyCogent的源代码,结果发现我查看可用物种名称的唯一方法是实际登录MySQL服务器并列出数据库,数据库名称本身需要一个命名约定,其中前两个字符串由下划线(u)分隔分别是属和种的名称

所以通过终端登录mysql服务器:

mysql -hlocalhost -uuser1 -ppass1
然后键入:

SHOW DATABASES 
我可以通过查看每个数据库的名称来查看可用的物种,特别是由下划线分隔的前两个字符串,例如列出的以下数据库:

anopheles_gambiae_core_1312_73_1
anopheles_arabeinsis_core_1312_73_1
anopheles_funestus_core_1312_73_1
anopheles_gambiaeM_core_1312_73_1
建议我提供以下物种:
冈比亚按蚊、阿拉伯按蚊、福内斯特按蚊
冈比亚按蚊M型

交叉张贴在biostars上: