肌肉多序列比对与Biopython？

我刚学会使用python（和Biopython），所以这个问题可能表明我缺乏经验

为了对文件（FileA.fasta）中的序列执行MSA，我使用以下代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
inp = 'FileA.fasta'
outp = 'FileB.fasta'
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)
cline()

我得到以下错误：

ApplicationError
... 
 Non-zero return code 127 from 'muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta', message '/bin/sh: muscle: command not found'

我知道这与可执行文件不在我的工作路径中有关。Biopython教程建议我更新路径以包含肌肉工具的位置，它为Windows提供了一个例子，但我不知道如何为MAC做到这一点

请帮忙

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谢谢。

首先确保您知道您在哪里安装了

muscle

。例如，如果在以下位置安装了肌肉：

/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64

然后你可以：

每个条目由换行符分隔：

/usr/local/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

将适当的路径（在本例中为

/usr/bin

）添加到列表中。节省

现在，确保

肌肉在您的路径上。试着跑

muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta

如果这样做有效，BioPython代码也应该有效

muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta