Python MMTK"；没有与..pdb文件关联的程序，请安装合适的查看器“；

我对编程和计算机世界还不熟悉。我试图用MMTK研究生物分子模拟

我在Windows 7中运行它，并且我已经安装了此软件：

• python-2.5.4
• numpy-1.6.2-win32-superpack-python2.5
• netCDF4-0.8.2.win32-py2.5
• 科学Python-2.9.0.win32-py2.5
• MMTK-2.6.0.win32-py2.5
• pywin32-217.win32-py2.7

当我运行这个mmtk示例时，一切似乎都正常。它显示了1000个过程步骤的数量

但是当我使用

view

方法运行脚本时，如下所示：

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()

然后我得到这个信息：

There is no program associated with ..pdb files, please install a suitable viewer

在互联网上搜索了一些答案后，我得到了以下信息：“PDB文件的查看器可以由环境变量PDBVIEWER定义。为了显示PDB文件，MMTK将执行一个命令，该命令由该变量的值后跟一个空格和PDB文件名组成。”我的疑问是：如何通过环境变量PDBVIEWER定义PDB文件的查看器？变量值是多少？ 在我看来，环境变量这个问题就像火星上生命出现的奥秘一样简单。我知道如何改变它，但我不知道改变什么，也不知道何时改变它。阅读维基百科关于这个主题的文章对我帮助不大。 所以我想知道的是：在这种情况下，如何准确地修改系统变量？我必须向现有变量添加一个新变量（PDBVIEWER）或仅添加一个路径？PDBVIEWER的值路径是什么（不应该是C:\Windows\System32）

这是我当前的变量值：

变量名称： 路径

变量的值：

C:\Program Files (x86)\PC Connectivity Solution\;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;C:\Program Files (x86)\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windows Live\Shared;%PYTHON_HOME%;%PYTHON_HOME%\Scripts;C:\Program Files (x86);C:\Python27\; C:\Python27\Scripts;C:\Python25\DLLs

我还有一个Python变量：

Python\u HOME

，该变量的值为：

C:\Python27

（尽管我将Python25与MMTK一起使用）

对于一个有经验的程序员来说，这个问题似乎微不足道。但这个问题的答案对其他人可能非常有用。有大量的生物学家、生物化学家和药剂师对使用计算方法解决他们的问题感兴趣。这些专业人士并不总是有计算机科学家在附近（特别是如果他们在不发达国家）

在许多人的科学生涯中，克服最初令人沮丧的bug和安装问题是至关重要的。这个问题的答案将帮助他们

提前谢谢

如果这个论坛不适合这个级别的问题，请给我一个反馈。

谷歌说它是PDB浏览器

您需要安装该软件或其他可以查看PDB文件的软件。假设安装程序不只是为您设置环境变量（可能是这样），那么您需要将变量PDBVIEWER设置为可以查看pdb的可执行文件的路径。假设C:\SwissPDBViewer\view.exe。

安装，用于可视化，然后运行

import os
os.environ['PDBVIEWER'] = 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD/vmd.exe'

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()

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pywin32-217.win32-py2.7

不能与Python 2.5一起使用。改用

pywin32-217.win32-py2.5

。感谢朱利安和cgohlke。Cgohlke的解决方案解决了我的问题。我安装了VMD。我尝试使用SPDBV，但我遇到了其他错误。我希望这个答案对其他人有用。