在Python2.7中使用Ruffus库时，just_print标志失败

在Python2.7中我有一个ruffus管道，但是当我用

-n

或

-just_print

调用它时，它仍然运行所有实际任务，而不是像预期的那样只打印管道。I:
*不要使用

-n

参数替代内置参数（尽管我有其他命令行参数）
*有一组带有

@transform（）

或

@merge（）

装饰器的函数
*使用

run\u pipeline（）

调用结束管道

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还有其他人遇到过这个问题吗？非常感谢

从ruffus 2.4版开始，您可以使用内置的，它通过使用

argparse

的

cmdline.py

模块存储适当的标志，例如：

from ruffus import *
parser = cmdline.get_argparse(description='Example pipeline')
options = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

cmdline.run(options)

from ruffus import *
import argparse
import sys

parser = argparse.ArgumentParser(description='Example pipeline')
parser.add_argument('--just_print', dest='feature', action='store_true')
parser.set_defaults(feature=False)
args = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

if args.feature:
    pipeline_printout(sys.stdout, run_testFunction, verbose = 6)
else:
    pipeline_run(run_testFunction, verbose = 6)

然后使用如下命令从终端运行管道：

python script.py --verbose 6 --target_tasks run_testFunction --just_print

python script.py --just_print

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如果您想手动执行此操作（这对于较旧版本的ruffus是必需的），您可以使用

argparse

调用而不是，以便

--just_print

标志引导相应的调用，例如：

from ruffus import *
parser = cmdline.get_argparse(description='Example pipeline')
options = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

cmdline.run(options)

from ruffus import *
import argparse
import sys

parser = argparse.ArgumentParser(description='Example pipeline')
parser.add_argument('--just_print', dest='feature', action='store_true')
parser.set_defaults(feature=False)
args = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

if args.feature:
    pipeline_printout(sys.stdout, run_testFunction, verbose = 6)
else:
    pipeline_run(run_testFunction, verbose = 6)

然后，您将按如下方式运行该命令：

python script.py --verbose 6 --target_tasks run_testFunction --just_print

python script.py --just_print

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这当然是一个功能性的攻击，但它不是违背了ruffus拥有这些内置参数的目的吗？或者内置参数只是建议？@J.C.Szamosi没有内置参数，您需要构建自己的构造。我看过ruffus软件包作者的代码，他也做了类似的事情，这非常有帮助，谢谢！我认为关于预定义选项（）的文档有点误导，因此我将就此与他们联系。@J.C.Szamosi实际上我不知道ruffus 2.4中的这些新功能；请参阅我的更新答案和+1以了解问题！啊!！我缺少的是

cmdline.run（选项）

。我有点不确定这与我在脚本中重命名argparse的变量（即

infle=options.I

）的正常习惯是如何相互作用的，但我会继续这样做。非常感谢！